Lê Thị Phương XÂy dựng cơ SỞ DỮ liệu sinh học phân tử trong nhận dạng các loàI ĐỘng vật hoang dã phục vụ thực thi pháp luật và nghiên cứU


Cây phát sinh loài gen Cyt b và COI



tải về 1.03 Mb.
trang9/13
Chuyển đổi dữ liệu07.07.2016
Kích1.03 Mb.
1   ...   5   6   7   8   9   10   11   12   13

3.5. Cây phát sinh loài gen Cyt b và COI

3.5.1.Cây phát sinh loài gen Cyt b




Hình 17: Cây phát sinh loài gen Cyt b

Kiểm tra cây phát sinh loài với gen Cyt b thì có một số loài đã bị xác định nhầm là:



+Gà lôi mào trắng (Lophura edwardsi) và Gà lôi Hà Tĩnh (Lophura hatinhensis).



Hình 18: Một minh họa cho việc một số loài đã bị đặt nhầm chỗ trên cây phát sinh loài Cyt b.

Như có thể nhìn thấy từ hình vẽ thì 2 loài là Gà lôi mào trắng (Lophura edwardsi) và Gà lôi Hà Tĩnh (Lophura hatinhensis) đã bị xem là 1 loài.


3.5.2. Cây phát sinh loài gen COI




Hình 19: Cây phát sinh loài gen COI

Kiểm tra cây phát sinh loài gen COI thì không có loài nào bị đặt nhầm chỗ.


3.6. Thảo luận


Với đối tượng nghiên cứu là các loài động vật hoang dã nằm trong nghị định 32-ND/CP của chính phủ về quản lý động thực vật rừng nguy cấp bao gồm 151 loài động vật thuộc 52 họ thì nghiên cứu đã xác định được trình tự gen Cyt b và COI của tất cả 112 loài. Trong đó 106 loài có trình tự gen Cyt b và 42 loài có trình tự gen COI.

*Về khả năng nhận dạng loài của mã vạch ADN gen Cyt b và COI:

- Với khoảng cách di truyền trung bình cho toàn bộ các loài có trình tự gen Cyt b và COI lần lượt là 40.3% và 33.6% có thể thấy rằng đây là khoảng cách tương đối lớn, cho phép chúng ta có thể phân biệt được các loài động vật. Tuy nhiên khoảng cách di truyền không ổn định và tương đồng ở từng loài với nhau. Điều này được thể hiện qua sự biến đổi của khoảng cách di truyền trung bình trong từng họ. Có những họ khoảng cách bằng 0% nhưng có những họ khoảng cách lên tới trên 50% ở cả hai kiểu gen. Cụ thể với từng kiểu gen như bảng sau:



Bảng 11: Thống kê các thông số về khoảng cách di truyền 2 kiểu gen ty thể Cyt b và COI




Cyt b

COI

Số loài

106

42

Số họ

35

21

K/c di truyền TB cho toàn bộ loài

40.3%

33.6%

K/c di truyền TB lớn nhất theo họ

43.3 ở họ Moschidae (họ Hươu xạ)

53% ở họ Crocodylidae (họ Cá sấu)

Tỷ lệ % số họ có k/c di truyền TB thấp (0 - 2%)

31.5%

43%

Tỷ lệ % số họ k/c di truyền TB cao(>= 2%)

68.5%

57%

*So sánh khả năng nhận dạng loài của 2 gen Cyt b và COI:

Chọn ra 12 họ có sự tương đồng nhất về số loài có cả trình tự gen Cyt b và COI để so sánh thì có thể thấy rằng mặc dù khoảng cách di truyền trung bình lớn nhất nằm ở gen COI (53% so với 43.3% của Cyt b) nhưng gen Cyt b vẫn thể hiện sự vượt trội hơn về khả năng nhận diện loài với khoảng cách di truyền trung bình gen Cyt b lớn hơn COI (36.5% so với 32.5%) và tỷ lệ % số họ có khoảng cách trung bình cao (>= 2%) lớn hơn (68.5% so với 57%).



*Về khoảng cách trong loài

- Theo phân tích ở phần trên thì với cả hai kiểu gen khoảng cách trong loài của 68 loài theo kiểu gen Cyt b và 22 loài theo kiểu gen COI có sự biến đổi từ thấp đến cao (0 % - >50%). Tuy nhiên chiếm một tỷ lệ lớn vẫn là sự sai lệch trong loài ở mức thấp (0 – 2%). Điều này cho thấy việc sử dụng mã vạch ADN đã phân biệt được một phần lớn các loài. Với những loài mà có khoảng cách trong loài cao như: Hươu xạ (Moschus berezovskii) 43.3%, Gà lôi trắng (Lophura nycthemera) 50.2%... cần có thêm những phân tích sâu hơn để xác nhận tính chính xác của các trình tự đã được đưa lên ngân hàng gen.



* Về cây phát sinh loài

Qua cây phát sinh loài chúng ta có thể thấy rằng có một số loài đã bị xác định sai trình tự gen trên Genbank, tức là nếu như trên Genbank đó là hai loài khác nhau thì trong cây phát sinh loài đó lại chỉ là cùng là một loài. Với cây phát sinh loài Cyt b chúng ta đã phát hiện được 2 loài bị xác định nhầm là Gà lôi mào trắng (Lophura edwardsi) và Gà lôi Hà Tĩnh (Lophura hatinhensis). Còn với cây phát sinh loài gen COI đã không có loài nào bị xác định nhầm. Nguyên nhân gây ra sự sai sót này có thể là sự thiếu cẩn thận trong quá trình sequence trình tự gen nhưng phần lớn là sự nhầm lẫn ở khâu định loại.


4. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ

4.1. Kết luận


Có thể nói rằng việc ngăn chặn săn bắt và buôn bán trái phép động vật hoang dã là một thách thức lớn đối với công tác bảo tồn đa dạng sinh học Việt Nam. Bên cạnh các biện pháp về tuyên truyền nâng cao ý thức của người dân trong việc thay đổi thói quen tiêu dùng các sản phẩm từ động vật hoang dã và không săn bắt chúng thì việc tăng cường công tác quản lý là nhiệm vụ lâu dài và cần thiết. Đóng vai trò là một công cụ mang tính khoa học hỗ trợ cho các cơ quan thực thi pháp luật về động vật hoang dã ở Việt Nam, cơ sở dữ liệu sinh học phân tử hoàn chỉnh sẽ cho phép các cơ quan chức năng nhận dạng chính xác các loài bị nghiêm cấm, hạn chế khai thác và buôn bánđ ặc biệt khi chúng đã biến thành các sản phẩm tiêu thụ trên thị trường. Luận văn trên mặc dù chưa đạt được một kết quả cuối cùng để làm cơ sở cho việc nhận dạng các loài động vật rừng được liệt kê trong nghị định 32/ND-CP nhưng cũng đã thu được những cơ sở dữ liệu bước đầu, làm nền tảng cho những nghiên cứu hoàn thiện tiếp theo. Đó là:

+ Đưa ra một cái nhìn tổng quan nhất về phương pháp sinh học phân tử trong nhận dạng loài đã được áp dụng trên thế giới, đó là phương pháp nhận dạng loài dựa vào khoảng cách di truyền và đặc điểm di truyền.

+Liệt kê được trình tự ADN cho 112 loài trong tổng số 151 loài được liệt kê trong nghị định 32/ND-CP của chính phủ về “Quản lý động vật, thực vật rừng nguy cấp, quí hiếm tại Việt Nam”.

+ Đánh giá được khả năng nhận dạng loài dựa vào khoảng cách di truyền gen COI và Cyt b. Nhìn chung, với cả 2 kiểu gen thì khoảng cách di truyền trung bình cho toàn bộ các loài là tương đối lớn: 40.3% với Cyt b và 33.6% với COI. Tuy nhiên giữa các họ có sự khác biệt khá lớn về khoảng cách di truyền, từ 0% đến trên 50%.

+ So sánh được hiệu quả nhận dạng giữa hai kiểu gen Cyt b và COI. Cụ thể là xét trong phạm vi 12 họ có sự tương đồng nhất về trình tự gen Cyt b và COI thì mặc dù khoảng cách di truyền trung bình theo họ lớn nhất nằm ở gen COI (53% so với 43.3% của Cyt b) nhưng gen Cyt b vẫn thể hiện sự vượt trội hơn về khả năng nhận dạng các loài.

+ Đánh giá được khoảng cách di truyền trong loài ở cả hai kiểu gen Cyt b và COI. Có thể thấy rằng chiếm một tỷ lệ lớn là khoảng cách trong loài ở mức thấp (bằng 0 - 2%) ở tất cả các loài. Chỉ có 25% số loài ở gen Cyt b và 18% ở gen COI là có khoảng cách trong loài lớn (> =2%).

+ Xây dựng cây phát sinh loài cho tất cả các loài ở cả hai kiểu gen COI và Cyt b, qua đó đã xác định được một số loài bị đặt nhầm chỗ ở cả hai kiểu gen.


: files -> ChuaChuyenDoi
ChuaChuyenDoi -> ĐẠi học quốc gia hà NỘi trưỜng đẠi học khoa học tự nhiên nguyễn Thị Hương XÂy dựng quy trình quản lý CÁc công trìNH
ChuaChuyenDoi -> TS. NguyÔn Lai Thµnh
ChuaChuyenDoi -> Luận văn Cao học Người hướng dẫn: ts. Nguyễn Thị Hồng Vân
ChuaChuyenDoi -> 1 Một số vấn đề cơ bản về đất đai và sử dụng đất 05 1 Đất đai 05
ChuaChuyenDoi -> TRƯỜng đẠi học khoa học tự nhiên nguyễn Hà Linh
ChuaChuyenDoi -> ĐÁnh giá Đa dạng di truyền một số MẪu giống lúa thu thập tại làO
ChuaChuyenDoi -> TRƯỜng đẠi học khoa học tự nhiêN
ChuaChuyenDoi -> TRƯỜng đẠi học khoa học tự nhiên nguyễn Văn Cường
ChuaChuyenDoi -> ĐÁnh giá thực trạng và ĐỀ xuất giải pháP


1   ...   5   6   7   8   9   10   11   12   13


Cơ sở dữ liệu được bảo vệ bởi bản quyền ©hocday.com 2019
được sử dụng cho việc quản lý

    Quê hương