Lê Thị Phương XÂy dựng cơ SỞ DỮ liệu sinh học phân tử trong nhận dạng các loàI ĐỘng vật hoang dã phục vụ thực thi pháp luật và nghiên cứU


So sánh khoảng cách di truyền trung bình giữa hai gen Cyt b và COI



tải về 1.03 Mb.
trang8/13
Chuyển đổi dữ liệu07.07.2016
Kích1.03 Mb.
1   ...   5   6   7   8   9   10   11   12   13

3.3. So sánh khoảng cách di truyền trung bình giữa hai gen Cyt b và COI


Bảng 7: So sánh khoảng cách di truyền trung bình ở một số họ giữa kiểu gen Cyt b và COI


STT

Họ

Cyt b

COI

1

Moschidae

43.3%

0.6%

2

Pteropodidae

0.8%

1.7%

3

Sciuridae

14.6%

10.4%

4

Accitripidae

0.00%

0%

5

Psitacidae

5.1%

9.6%

6

Sturnidae

0.00%

0.1%

7

Elapidae

29.6%

11%

8

Geoemydidae

17%

9.2%

9

Testudinidae

21.5%

6.8%

10

Crocodylidae

1.4%

53%

11

Cadinae

10.6%

37.5%

12

Chelydridae

0.00%

4.1%




Khoảng cách trung bình lớn nhất

43.3%

53%




Khoảng cách trung bình chung

36.5%

32.5%




Hình 16: Biểu đồ so sánh khoảng cách di truyền trung bình

Chú thích: - Màu xanh là khoảng cách di truyền trung bình kiểu gen Cyt b.

- Màu đỏ là khoảng cách di truyền trung bình kiểu gen COI.



*Nhận xét:

Trong số 12 họ nêu trên thì:

+Có 1 họ là: Accitripidae có khoảng cách di truyền trung bình bằng nhau và bằng 0% ở cả 2 kiểu gen COI và Cyt b.

+Có 5 họ (Moschidae,Sciuridae,Elapidae,Testudinidae,Geoemydidae) mà ở đó khoảng cách di truyền trung bình theo kiểu gen Cyt b lớn hơn COI, nằm từ 14.6%- 43.3%.

+Có 6 họ (Pteropodidae,Psitacidae,Sturnidae,Chelydridae,Cadinae,Crocodylidae) mà ở đó khoảng cách di truyền trung bình theo kiểu gen COI lớn hơn theo kiểu gen Cyt b, nằm từ 0.1%- 53%.

+Khoảng cách di truyền trung bình lớn nhất với kiểu gen Cyt b là 43.3% ở họ Moschidae (họ Hươu xạ), với kiểu gen COI là 53% ở họ Crocodylidae (họ Cá sấu).



+ Khoảng cách di truyền trung bình cho toàn bộ các loài trong 13 họ nêu trên là: 36.5% với Cyt b và 32.5% với COI.

3.4. Khoảng cách di truyền trong loài

3.4.1. Khoảng cách di truyền trong loài kiểu gen Cyt b và COI


Bảng 8: Khoảng cách trong loài giữa các loài theo kiểu gen Cyt b và COI

STT

Họ

Loài

K/c trong loài gen Ct b

K/c trong loài gen COI

1

Hylopatidae (họ Vượn)

Nomascus gabriellae

45%

n/c

Nomascus concolor

0.3- 0.7%

Không có

Nomascus nasutus

0.2- 0.4%

Không có

Nomascus leucogenys

0.4- 44%

Không có

2

Felidae (họ Mèo)

Prionailurus viverrina

1%

Không có

Prionailurus bengalensis

1-3%

Không có

Neofelis nebulosa

0%

Không có

Panthera pardus

1-3%

n/c

Panthera tigris

31%

0-63%

Catopuma  temminckii

n/c

Không có

3

Cervidae (họ Hươu nai)

Axis porcinus

0- 1%

0%

Cervus eldii

0- 1%

Không có

4

Moschidae (họ Hươu xạ)

Moschus berezovskii

43.3%

3-9%

5

Phasianidae (họ Trĩ)

Polyplectron bicalcaratum

0-0.2%

Không có

Pavo muticus

0.5-4%

Không có

Lophura edwardsi

0.5-4%

Không có

Lophura nycthemera

50.2%

0-5%

6

Pteropodidae (họ Dơi quạ)

Pteropus vampyrus

0.7-1.3%

1.7%

7

Sciuridae (họ Sóc)

Hylopetes lepidus

2-5%

Không có

Hylopetes phayrei

3%

Không có

Hylopetes spadiceus

n/c

0%

Petaurista elegans

0%

Không có

Petaurista petaurista

1%

Không có

8

Accitripidae (họ Ưng)

Spilornis cheela

0%

0%

9

Psitacidae (họ Vẹt)

Psittacula alexandri

1%

Không có

10

Tytonidae (họ Cú lợn)

Tyto alba

0-8%

0.2%

11

Sturnidae (họ Sáo)

Gracula religiosa

0%

0.1%

12

Varanidae (họ Kỳ đà)

Varanus salvator

0%

n/c

13

Colubridae (họ Rắn nước)

Ptyas mucosus

0.3%

18.5%

14

Elapidae (họ Rắn hổ)

Bungarus candidus

0%

Không có

Bungarus multicinctus

0%

0-2%

Bungarus fasciatus

0-5%

n/c

Naja naja

1-5%

n/c

Ophiophagus hannah

0%

Không có

15

Geoemydidae (họ Rùa đầm)

Heosemys  grandis

27%

n/c

Cuora trifasciata

n/c

0-4.9%

Mauremys annamensis

1-5%

n/c

16

Testudinidae (họ Rùa cạn)

Indotestudo elongata

29%

0.5%

Manouria impressa

0%

0.2-0.8%

17

Crocodylidae (họ Cá sấu)

Crocodylus porosus

0%

75%

Crocodylus siamensis

0%

75%

18


Cadinae (họ Chó)

Cuon alpinus

0%

n/c

Canis aureus       

0%

n/c

Vulpes vulpes

1%

0%

19

Chelydridae

Platysternum megacephalum

0%

0.3 - 6.1%

20

Papilionidae (họ Bướm phượng)

Teinopalpus aureus

0%

n/c

Teinopalpus imperalis

Không có

0%

Troides helena ceberus

Không có

0%

21

Mustelidae (họ Chồn)

Mustela nivalis

0.1 - 6.4%

0.2 - 0.8%

22

Cynocephalidae (họ Chồn dơi)

Galeopterus variegatus

5.9%

n/c

23

Lorisidae (họ Cu li)

Nycticebus pygmaeus

0%

Không có

24

Cercopithecidae (họ Khỉ)

Pygathrix nemaeus

0%

Không có

Pygathrix avunculus

73.3%

Không có

Macaca mulatta

0.8%

n/c

Pygathrix cinerea

0.5%

Không có

25

Ursidae (họ Gấu)

Ursus malayanus

0%

Không có

Ursus thibetanus

0 - 0.5%

Không có

26

Elephantidae (họ Voi)

Elephas maximus

0.7-3.7%

n/c

27

Bovidae (họ Bò)

Bos gaurus

0 - 6%

Không có

Bos javanicus

0%

Không có

28

Viveridae (họ Cầy)

Viverricula indica

3%

Không có

Prionodon pardicolor

2%

Không có

Chrotogale owstoni 

1-2%

Không có

29

Tragulidae (họ Cheo cheo)

Tragulus javanicus

1-2%

Không có

Tragulus napu

2%

Không có

33

Bucerotidae (họ Hồng hoàng)

Buceros bicornis

0%

n/c

Aceros undulatus

0%

Không có

31

Muscicapidae (họ Đớp ruồi)

Copsychus malabaricus

n/c

0.2 - 0.8%

32

Timaliidae (họ Khướu)

Garrulax merulinus

2%

Không có

33

Pythonidae (họ Trăn)

Python molurus

28%

n/c

Python reticulatus

29%

Không có

34

Salamandridae (họ Cầy giông)

Paramesotriton deloustali

0%

Không có

35

Threskiornithidae (họ Cò quặm)

Platalea minor

0 - 64%

Không có

36

Manidae (họ Tê tê)

Manis pentadactyla

4 - 5%

Không có

*Nhận xét:

Qua bảng trên ta thấy khoảng cách di truyền trong loài có sự biến đổi theo từng loài và từng kiểu gen.



- Với kiểu gen Cyt b: Có 68 loài tính được khoảng cách trong loài

+ Có 17 loài có khoảng cách trong loài khá cao như: Nomascus gabriellae (45%), Moschus berezovskii (43.3%), Lophura nycthemera (50.2%), Pygathrix avunculus (73.3%), Heosemys  grandis (27%), Python molurus (28%), Python reticulatus (29%), Panthera tigris (31%). …



+ Có 15 loài khoảng cách trong loài biến đổi từ thấp đến cao: Nomascus leucogenys (0.4 - 44%), Platalea minor (0 - 64 %)…

+Có 36 loài khoảng cách trong loài nằm ở mức thấp (0 - 2%).



-Với kiểu gen COI: có 22 loài có khoảng cách trong loài

+ Có 4 loài có khoảng cách trong loài từ trung bình đến cao như: Ptyas mucosus (18.5%), Crocodylus porosus (75%), Crocodylus siamensis (75%).

+Có 4 loài khoảng cách trong loài biến đổi từ thấp đến cao : Panthera tigris (0-63%), Platysternum megacephalum (0.3 – 6.1%), Cuora trifasciata (0 – 4.9%), Lophura nycthemera (0 – 5%).

+ Có 14 loài có khoảng cách trong loài nằm ở mức thấp (0- 2%).



Bảng 9: Thống kê các thông số về khoảng cách trong loài theo tỷ lệ %

Kiểu gen

Các

Thông số

Cyt b

COI

Số loài

%

Số loài

%

Tổng số loài có khoảng cách di truyền trong loài

68

100%

22

100%

Số loài có k/c di truyền trong loài từ trung bình đến cao (>2%)

17

25%

4

18%


Số loài có k/c di truyền trong loài biến đổi từ thấp đến cao

15

22%

4

18%

Số loài có k/c di truyền trong loài nằm ở mức thấp (0- 2%)

36

53%

14

64%

*Nhận xét:


+Với cả 2 kiểu gen thì chiếm một tỷ lệ lớn vẫn là số loài có khoảng cách di truyền trong loài ở mức thấp: 53% ở Cyt b và 64% ở COI.

+ Với số loài có khoảng cách di truyền ở mức trung bình đến cao thì gen Cyt b chiếm tỷ lệ cao hơn Cyt b một chút (25% so với 18%). Tương tự về tỷ lệ như thế là số loài có khoảng cách biến thiên từ thấp đến cao.


3.4.2. So sánh khoảng cách di truyền trong loài giữa hai kiểu gen COI và Cyt b


Bảng 10: So sánh khoảng cách trong loài ở một số loài

STT

Loài

Khoảng cách trong loài gen Cyt b

Khoảng cách trong loài gen COI

Tên tiếng Việt

Tên khoa học

1

Hổ

Panthera tigris

31%

0 - 63%

2

Hươu vàng

Axis (Cervus) porcinus

0 - 1%

0%

3

Hươu xạ

Moschus berezovskii

43.3%

3 - 9%

4

Gà lôi trắng

Lophura nycthemera

50.2%

0 - 5%

5

Dơi ngựa lớn

Pteropus vampyrus

0.7 - 1.3%

1.7%

6

Cáo lửa

Vulpes vulpes

1%

0%

7

Triết nâu

Mustela nivalis

0.1 - 6.4%

0.2 - 0.8%

8

Diều hoa miến điện

Spilornis cheela

0%

0%

9

Cú lợn lưng xám

Tyto alba

0 - 8%

0.2%

10

Nhổng

Gracula religiosa

0%

0.1%

11

Rắn ráo trâu

Ptyas mucosus

0.3%

18.5%

12

Rắn cạp nia bắc

Bungarus multicinctus

0%

0 - 0.2%

13

Rùa đầu to

Platysternum megacephalum

0%

0.3 - 6.1%

14

Rùa núi vàng

Indotestudo elongata

29%

0.5%

15

Rùa núi viền

Manouria impressa

0%

0.2 - 0.8%

16

Cá sấu hoa cà

Crocodylus porosus

0%

75%

17

Cá sấu nước ngọt

Crocodylus siamensis

0%

75%

*Nhận xét: Trong số 17 loài có cả khoảng cách di truyền trong loài theo cả hai kiểu gen trên thì:

+ Có 6 loài có khoảng cách di truyền trong loài theo kiểu gen Cyt b lớn hơn COI.

+ Có 8 loài có khoảng cách di truyền theo kiểu gen COI lớn hơn Cyt b.

+ Có 1 loài mà khoảng cách trong loài theo 2 kiểu gen đều bằng 0%: Diều hoa Miến Điện (Spilornis cheela).

+ Với gen Cyt b khoảng cách di truyền trong loài lớn nhất là 50.2% ở loài Gà lôi trắng (Lophura nycthemera), với gen COI là 75% ở loài cá sấu hoa cà (Crocodylus porosus) và cá sấu nước ngọt (Crocodylus siamensis).


: files -> ChuaChuyenDoi
ChuaChuyenDoi -> ĐẠi học quốc gia hà NỘi trưỜng đẠi học khoa học tự nhiên nguyễn Thị Hương XÂy dựng quy trình quản lý CÁc công trìNH
ChuaChuyenDoi -> TS. NguyÔn Lai Thµnh
ChuaChuyenDoi -> Luận văn Cao học Người hướng dẫn: ts. Nguyễn Thị Hồng Vân
ChuaChuyenDoi -> 1 Một số vấn đề cơ bản về đất đai và sử dụng đất 05 1 Đất đai 05
ChuaChuyenDoi -> TRƯỜng đẠi học khoa học tự nhiên nguyễn Hà Linh
ChuaChuyenDoi -> ĐÁnh giá Đa dạng di truyền một số MẪu giống lúa thu thập tại làO
ChuaChuyenDoi -> TRƯỜng đẠi học khoa học tự nhiêN
ChuaChuyenDoi -> TRƯỜng đẠi học khoa học tự nhiên nguyễn Văn Cường
ChuaChuyenDoi -> ĐÁnh giá thực trạng và ĐỀ xuất giải pháP


1   ...   5   6   7   8   9   10   11   12   13


Cơ sở dữ liệu được bảo vệ bởi bản quyền ©hocday.com 2019
được sử dụng cho việc quản lý

    Quê hương