Tên học phần: ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG SINH HỌC

Tên học phần: ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG SINH HỌC

Bộ môn/Khoa phụ trách: Bộ môn Công nghệ sinh học

Mã số học phần: 315084

Dạy cho các ngành: CN. Công nghệ Sinh học

Môn học trình bày những kiến thức và kỹ năng cơ bản về những ứng dụng của tin học trong xử lý thống kê sinh học trên phần mềm Microsoft Excel: thống kê mô tả, thống kê suy lý, phân tích phương sai ANOVA, phân tích tương quan và hồi quy. Giới thiệu một số ứng dụng của tin học trong lĩnh vực sinh học phân tử: tìm kiếm trên cơ sở dữ liệu NBCI, kỹ thuật BLAST, Sắp xếp cột tương đồng nhiều trình tự, xây dựng cây phát sinh loài, một số ứng dụng trên phần mềm Pymol.

Sau khi học xong học phần này, sinh viên sẽ:

Chương I. GIỚI THIỆU VỀ MS-EXCEL (03 tiết)

1.1. Các khái niệm cơ bản

1.2. Các thao tác cơ bản trong bản tính

1.3. Thiết lập đồ thị và biểu đồ

1.4. Công cụ phân tích dữ liệu

Chương II. ÁP DỤNG MS-EXCEL TRONG LẤY MẪU VÀ THỐNG KÊ MÔ TẢ (02 tiết)

2.1. Lấy mẫu ngẫu nhiên

2.2. Loại giá trị bất thường

2.3. Tính các giá trị thống kê mô tả

2.4. Xác định độ đúng và độ chính xác

Chương III. ÁP DỤNG MS-EXCEL TRONG THỐNG KÊ SUY LÝ (05 tiết)

3.1. So sánh giá trị trung bình

3.1.1. So sánh hai giá trị trung bình với phương sai biết trước (z-test: Two sample for mean)

3.1.2. So sánh giá trị trung bình tương ứng từng cặp (t-test: Paired two sample for mean)

3.1.3. So sánh giá trị trung bình với phương sai bằng nhau (t-test: two sample asuming equal variances)

3.1.4. So sánh giá trị trung bình với phương sai khác nhau (t-test: two sample asuming unequal variances)

3.2. So sánh phương sai (f-test: two sample for variances)

Chương IV. ÁP DUNG MS-EXCEL TRONG QUY HOẠCH THỰC NGHIỆM VÀ PHÂN TÍCH PHƯƠNG SAI (05 tiết)

4.1. Phân tích phương sai một yếu tố (ANOVA Single factor)

4.2. Phân tích phương sai hai yếu tố không lặp lại (ANOVA two factor without replication)

4.3. Phân tích phương sai hai yếu tố không lặp lại (ANOVA two factor with replication)

Chương V. ÁP DUNG MS-EXCEL TRONG PHÂN TÍCH TƯƠNG QUAN VÀ HỒI QUY (05 tiết)

5.1. Xác định tương quan

5.2. Phân tích hồi quy tuyến tính đơn giản

5.3. Phân tích hồi quy tuyến tính đa tham số

Chương VI. GIỚI THIỆU MỘT SỐ ỨNG DỤNG PHẦN MỀM TIN HỌC TRONG SINH HỌC (05 tiết)

6.1. Giới thiệu về Tin sinh học (Bioinformatics)

6.2. Giới thiệu CSDL và kỹ thuật tìm kiếm trên cơ sở dữ liệu NCBI

6.3. Tìm kiểm trình tự tương đồng: công cụ BLAST

6.4. Sắp xếp cột tương đồng nhiều trình tự, xây dựng cây phát sinh loài

6.5. Giới thiệu về dự đoán cấu trúc và chức năng protein

* Thảo luận và kiểm tra (05 tiết)

4.2. Hình thức tổ chức dạy học:

Tên chương	Số tiết lý thuyết	Số tiết thực hành	Số tiết thảo luận	Số tiết bài tập	Tài liệu học tập, tham khảo cần thiết
(1)	(2)	(3)	(4)	(5)	(6)
Chương I. GIỚI THIỆU VỀ MS-EXCEL	1	0	1	0	[1], [2], [3], [4], [5]
Chương II. ÁP DỤNG MS-EXCEL TRONG LẤY MẪU VÀ THỐNG KÊ MÔ TẢ	2	0	1	0	[1], [2], [3], [4], [5]
Chương III. ÁP DỤNG MS-EXCEL TRONG THỐNG KÊ SUY LÝ	3	0	2	0	[1], [2], [3], [4], [5]
Chương IV. ÁP DUNG MS-EXCEL TRONG QUY HOẠCH THỰC NGHIỆM VÀ PHÂN TÍCH PHƯƠNG SAI	3	0	2	0	[1], [2], [3], [4], [5]
Chương V. ÁP DUNG MS-EXCEL TRONG PHÂN TÍCH TƯƠNG QUAN VÀ HỒI QUY	3	0	2	0	[1], [2], [3], [4], [5]
Chương VI. GIỚI THIỆU MỘT SỐ ỨNG DỤNG PHẦN MỀM TIN HỌC TRONG SINH HỌC	3	0	2	0	[1], [2], [3], [4], [5]

5. Tài liệu tham khảo:

[1] Đặng Văn Giáp, 1997. Phân tích dữ liệu khoa học bằng chương trình MS - Excel, NXB Giáo dục.

[2] Chu Văn Mẫn, 2003. Ứng dụng Tin học trong Sinh học, NXB Đại học Quốc gia Hà Nội.

[3] Nguyễn Văn Đức, Lê Thanh Hải, 2002. Phương pháp kiểm tra thống kê sinh học. NXB Khoa học và Kỹ thuật.

[4] Nguyễn Hoàng Lộc, 1998. Bài giảng: Thống kê sinh học, Đại học Khoa học Huế.

[5] Gibas, C., Jambeck P., Developing Bioinformatics Computer Skills. O'Reilly, 2001.

- Thái độ học tập, thảo luận: trọng số 0,2

- Kiểm tra giữa kỳ: trọng số 0,2

- Thi kết thúc học phần: trọng số 0,6