Microsoft Word tcsh14-027-Nguyen Duc Thanh Dzung edited doc

Các kỹ thuật chỉ thị DNA  

 

271 

Sequence Repeat-ISSR) và kỹ thuật đa hình các 

tiểu  vệ  tinh  được  nhân  bản  ngẫu  nhiên 

(Randomly 

Amplified 

Microsatellite 

Polymorphisms-RAMP).  Chúng  ta  sẽ  xem  xét 

lần lượt các kỹ thuật này trong các phần sau. 

Kỹ  thuật  chuỗi  lặp  lại  đơn  giản  (Simple 

Sequence Repeats-SSR) 

Chuỗi  lặp  lại  đơn  giản  (Simple  Sequence 

Repeats-SSR) [169], tiểu vệ tinh (microsatellite) 

[107],  chuỗi  lặp  lại  trước  sau  ngắn  (Short 

Tandem Repeats-STRs) hay đa hình độ dài chỗi 

đơn 

giản 

(simple 

sequence 

length 

polymorphisms-SSLPs)  [115]  là  sự  lặp  lại  các 

chuỗi nucleotide ngắn từ 2-6 nucleotide [30].  

SSR  (SSLP,  STMS)  trở  thành  kỹ  thuật  chỉ 

thị phân tử quan trọng trong cả động vật và thực 

vật. SSR rất đa hình do đột biến tác động lên số 

đơn  vị  lặp  lại.  Sự  thay  đổi  hay  sự  đa  hình  của 

SSR là kết  quả của sự khác  nhau về độ  dài  các 

đoạn lặp lại trong genome do quá trình trao đổi 

chéo  không  cân  hoặc  do  sự  giảm  nucleotide 

trong quá trình sao chép. SSR không những phổ 

biến  mà  còn  biến  động  mạnh  về  số  lượng  kiểu 

lặp  lại  trong  genome  sinh  vật  nhân  thực.  Sự 

khác nhau allele của SSR là kết quả của sự thay 

đổi số lượng đơn vị lặp lại trong cấu trúc tiểu vệ 

tinh.  Các  chuỗi  lặp  lại  thường  đơn  giản  và  cấu 

tạo bởi 2, 3 hoặc 4 nucleotide. 

Kỹ  thuật  SSR  được  thực  hiện  bằng  phản 

ứng  PCR  với  mồi  SSR  xuôi  và  ngược.  Sản 

phẩm 

PCR  được  phân  tách  trên  gel 

polyacrylamide  kết  hợp  nhuộm  bạc  (AgNO3) 

hoặc bằng máy giải trình tự tự động. 

Việc  phát  triển  chỉ  thị  SSR  được  tiến  hành 

theo  một số bước  như: xây  dựng thư  viện SSR, 

xác định  locus SSR, xác định  vùng phù  hợp để 

thiết  kế  mồi,  PCR  với  các  mồi  được  thiết  kế, 

đánh  giá  và  phân  tích  mẫu  băng,  đánh  giá  đa 

hình của sản phẩm PCR. 

Kỹ thuật SSR có một số ưu việt hơn các chỉ 

thị khác như: i. Cho nhiều allen trong một locus; 

ii.  Phân  bố  đều  trong  genome;  iii.  SSR  cho 

thông tin cụ thể hơn so với di truyền ty thể theo 

đường mẹ (vì có mức đột biến cao) và di truyền 

theo cả bố và mẹ; iv. Là chỉ thị đồng trội; v. Có 

tính đa hình và đặc thù cao; vi. Có thể lặp lại ở 

các  thí  nghiệm,  sử  dụng  ít  DNA,  rẻ  và  dễ  tiến 

hành,  có  thể  phân  tích  bán  tự  động,  không  sử 

dụng  phóng  xạ,  có  thể  sử  dụng  các  DNA  cổ 

(ancient DNA-aDNA). SSR có thể phân biệt các 

cá thể có  mối  quan hệ  gần. Điểm  hạn chế  quan 

trọng  của  kỹ  thuật  chỉ  thị  SSR  là  cần  phải  đọc 

trình  tự  genome  để  dựa  vào  đó  có  thể  thiết  kế 

các cặp mồi đặc thù và tối ưu hóa điều kiện các 

mồi cho từng  loài trước khi sử dụng. Hiện  nay, 

SSR là chỉ thị được chọn cho các nghiên cứu hồ 

sơ  pháp  lý,  di  truyền  quần  thể  và  nghiên  cứu 

động  vật  hoang  dã.  Ở  thực  vật  SSR  được  sử 

dụng  trong  nghiên  cứu  đa  dạng  di  truyền  [53, 

71,109,117,  121,  171,  172,  175,  183,  210,], 

trong  chọn  cặp  lai  (43,  71],  trong  xác  định  con 

lai [1] và trong lập bản đồ liên kết phân tử [39, 

110, 173]. 

Kỹ thuật đa hình độ dài  các chuỗi đơn giản 

(Single  Sequence  Length  Polymorphism-SSLP) 

là  kỹ  thuật  chỉ  thị  tạo  các  chuỗi  lặp  lại  với  độ 

dài  khác  nhau  nằm  giữa  hai  gen.  Các  chuỗi  có 

độ dài  khác nhau là do số lượng trình tự lặp lại 

trong  chuỗi  khác  nhau  do  quá  trình  trao  đổi 

chéo  không  cân  hoặc  do  sự  giảm  nucleotide 

trong  quá  trình  sao  chép.  Cả  hai  quá  trình  này 

đều có thể dẫn đến giảm hoặc tăng số lượng đơn 

vị lặp lại trong genome. Sự khác nhau về độ dài 

của SSLP được sử dụng để đánh giá sự thay đổi 

di truyền giữa các cá thể trong loài. 

Kỹ  thuật  SSLP  giống  như  kỹ  thuật  SSR, 

cũng được tiến hành bằng các cặp mồi đặc hiệu 

nhân bản các chuỗi đơn giản nằm giữa hai gen, 

sản  phẩm  PCR  được  phân  tách  trên  gel 

polyacrylamide. 

SSLP đã được sử dụng trong nghiên cứu đa 

dạng  di  truyền  [12],  xác  định  giống  [67],  xác 

định dị hợp tử [135] và lập bản đồ di truyền [5, 

202]. 

Kỹ  thuật  vị  trí  chuỗi  tiểu  vệ  tinh  đánh  dấu 

(Sequence-Tagged  Microsatellite  Site-STMS) 

[21,  181,  182]  là  kỹ  thuật  chỉ  thị  nhân  bản  các 

chuỗi  lặp  lại  ở  vị  trí  được  đánh  dấu  bằng  các 

cặp  mồi  đặc  hiệu.  Kỹ  thuật  này  cũng  được  sử 

dụng nhiều trong nghiên cứu đa dạng di truyền, 

phân tích genome [86], lập bản đồ di truyền [51, 

198] và nhận biết giống [47]. 

Ưu  điểm  nổi  bật  của  SSR,  SSLP  và  STMS 

là các chỉ thị này có thể sử dụng chung cho một 

số loài cây. Chẳng hạn STMS của cây đậu đồng 

tải về 0.52 Mb.

Chia sẻ với bạn bè của bạn: