Microsoft Word tcsh14-027-Nguyen Duc Thanh Dzung edited doc
tải về 0.52 Mb. Chế độ xem pdf
|
| Các kỹ thuật chỉ thị DNA
Mỗi loại chỉ thị DNA được phát triển bằng một kỹ thuật tương ứng. Kỹ thuật chỉ thị DNA lý tưởng cần phải có các tiêu chí sau: cho đa hình cao và phân bố đều trong genome; cho sự phân biệt rõ sự khác nhau về di truyền, tạo nhiều chỉ thị độc lập và chính xác; đơn giản, nhanh và ít
Các kỹ thuật chỉ thị DNA
267 tốn kém; cần ít mẫu và DNA; liên kết với kiểu hình nhất định; có thể lặp lại trong các nghiên cứu, mức độ sai sót thấp nhất, ghi số liệu dễ và chính xác, có nhiều allen (hàm lượng thông tin cao), không cần biết trước thông tin về genome và cơ thể. Trong bảng 1 là các các kỹ thuật chỉ thị DNA hiện có. Trong bài này tác giả chỉ giới thiệu khái quát về cơ sở, nguyên lý, một số bước cơ bản, những ưu nhược điểm và ứng dụng của một số kỹ thuật phổ biến.
Ký hiệu
Tên tiếng Anh Tên tiếng Việt Kỹ thuật không sử dụng PCR RFLP
Restriction Fragment Length Polymorphism Đa hình độ dài đoạn cắt hạn chế REF Restriction Endonuclease Fingerprinting Lấy dấu cắt hạn chế Kỹ thuật sử dụng PCR AFLP
Amplified Fragment Length Polymorphism Đa hình độ dài nhân bản chọn lọc RAPD Randomly Amplified Polymorphic DNA DNA đa hình được nhân bản ngẫu nhiên AP-PCR
Arbitrarily primed PCR PCR với mồi ngẫu nhiên ARMS Amplification Refractory Mutation System Hệ thống đột biến chịu nhiệt nhân bản ASAP
Arbitrary Signatures from Amplification Các dấu hiệu ngẫu nhiên từ nhân bản SPAR Single Primer Amplification Reaction Phản ứng nhân bản với mồi đơn SPLAT
Single Polymorphic Amplification Test Phép thử nhân bản đa hình đơn S-SAP Sequence-Specific Amplification Polymorphisms Đa hình nhân bản chuỗi đặc trưng ASLP Amplified Sequence Length Polymorphism Đa hình độ dài chuỗi nhân bản CAPS
Cleaved Amplification Polymorphic Sequence Chuỗi đa hình nhân bản được cắt hạn chế CAS Coupled Amplification and Sequencing Giải trình tự và nhân bản kết hợp DAF
DNA Amplification Fingerprint Dấu nhân bản DNA SAMPL Selective Amplification of Polymorphic Loci Nhân bản chọn lọc các locus đa hình
ISSR
Inter-Simple Sequence Repeats Chuỗi lặp lại đơn giản giữa ISTR Inverse Sequence-Tagged Repeats Chuỗi lặp lại ngược được đánh dấu MP-PCR
Microsatellite-Primed PCR PCR với mồi tiểu vệ tinh RAHM Randomly Amplified Hybridizing Microsatellites Tiểu vệ tinh lai được nhân bản ngẫu nhiên
RAMPs Randomly Amplified Microsatellite Polymorphisms Đa hình tiểu vệ tinh được nhân bản ngẫu nhiên VNTR
Variable Number Tandem Repeats Số lượng thay đổi các chuỗi lặp lại liền kề Các kỹ thuật chỉ thị PCR các chuỗi đặc trưng STS
Sequence-Tagged-Site Vị trí chuỗi đánh dấu SCAR Sequence Characterised Amplification Regions Vùng nhân bản chuỗi được mô tả SSLP
Single Sequence Length Polymorphism Đa hình độ dài chuỗi đơn giản SSR Simple Sequence Repeats Các chuỗi lặp lại đơn giản STMS
Sequence-Tagged Microsatellite Site Vị trí chuỗi tiểu vệ tinh đánh dấu Các kỹ thuật chỉ thị gen nhảy REMAP
Retrotrasposon-Microsatellite Amplified Polymorphism Đa hình tiểu vệ tinh gen nhảy ngược được nhân bản RBIP Retrotrasposon-Based Insertion Polymorphism Đa hình sự gắn dựa trên gen nhảy ngược IRAP
Inter- Retrotrasposon Amplified Polymorphism Đa hình gen nhảy ngược giữa được nhân bản TD Transposable Display Biểu lộ gen nhảy Các kỹ thuật chỉ thị nhân khác ITS
Internal Transcribed Spacer Vùng đệm trong được sao mã SNP Single Nucleotide Polymorphism Đa hình nucleotide đơn OLA
Oligonucleotide Ligation Assay Phân tích gắn Oligonucleotide SSCP Single Stranded Conformation Polymorphism Đa hình cấu tạo sợi đơn ASO
Allele Specific Oligonucleotide Oligonucleotide đặc trưng allen ASH Allele-Specific Hybridization Lai allen đặc trưng Nguyen Duc Thanh 268
Các kỹ thuật chỉ thị lục lạp cpSSR
Chloroplast Simple Sequence Repeats Chuỗi lặp lại đơn giản lục lạp RFLPA cpDNA
Restriction Fragment Length Polymorphism Analysis cpDNA Phân tích đa hình độ dài đoạn cất giới hạn DNA lục lạp tRNAs Chloroplast Transfer RNAs Các RNA vận chuyển lục lạp Công nghệ hỗ trợ hiện đại DarT
Diversity array Technology Công nghệ sắp xếp đa dạng NGS Next-geneation sequencing Giải trình tự thế hệ thứ hai
Các kỹ thuật chỉ thị DNA được chia thành các nhóm chính là: các kỹ thuật không sử dụng phản ứng PCR và các kỹ thuật sử dụng PCR. Ngoài ra, cần phải kể đến một số công nghệ hỗ trợ hết sức hiệu quả cho phát triển chỉ thị và nhận biết đa hình chỉ thị DNA như công nghệ sắp xếp đa dạng (Diversity array Technology) và công nghệ giải trình tự thế hệ thứ hai (Next- generation sequencing).
tải về 0.52 Mb. Chia sẻ với bạn bè của bạn:
|