Microsoft Word tcsh14-027-Nguyen Duc Thanh Dzung edited doc
tải về 0.52 Mb. Chế độ xem pdf
|
| Nguyen Duc Thanh
274
locus rỗng; kỹ thuật biểu lộ gen nhảy (Transposable Display-TD). Kỹ thuật S-SAP được sử dụng đầu tiên trong nghiên cứu vị trí của gen nhảy BARE1 (barley retrotransposable element 1) trong lúa miến [93]. Về cơ bản, đây là dạng đơn giản của kỹ thật AFLP. Việc nhân bản được thực hiện với mồi đặc hiệu cho gen nhảy và mồi đặc hiệu cho đoạn tiếp hợp MseI (MseI-adaptor). S-SAP được sử dụng trong nghiên cứu đa dạng di truyền và lập bản đồ [138, 144]. Trong kỹ thuật IRAP và REMAP đa hình được xác định bằng sự có mặt hoặc vắng mặt của gen nhảy ngược tại locus riêng biệt. Một phản ứng PCR có thể tạo được khoảng 30 băng. Các chỉ thị này có độ đa hình cao và có thể sử dụng trong đánh giá quan hệ trong loài. IRAP được sử dụng nghiên cứu đặc điểm hệ gen [126]. IRAP và REMAP được sử dụng để phát hiện sự giống nhau giữa các giống lúa [22]. Kỹ thuật RBIP được phát triển nhờ sử dụng gen nhảy PDR1 của Pisium sativum [50]. Trong kỹ thuật này, cần phải có thông tin về trình tự đầu 5’ và 3’ của các vùng kề bên gen nhảy. Khi sử dụng mồi đặc thù cho gen nhảy cùng với mồi thiết kế để kéo dài tới vùng kề bên sẽ cho sản phẩm từ DNA khuôn có chứa nucleotide bổ sung. Mặt khác, các mồi đặc thù cho cả hai vùng kề bên sẽ tạo sản phẩm nếu không có bổ sung nucleotide. Sự đa hình được xác định trên gel agarose hoặc lai với phân đoạn PCR tham khảo (tham chiếu). Đây là kỹ thuật khá tốn kém và phức tạp so với các kỹ thuật gen nhảy khác. RBIP được sử dụng trong nghiên cứu đa dạng di truyền và tiến hóa đậu đồng (Pisum) [77]. Kỹ thuật TD là dạng cải tiến của kỹ thuật AFLP, kỹ thuật này cho phép xác định đồng thời nhiều yếu tố phiên mã (TEs) từ các dòng có số lượng bản sao cao. Trong kỹ thuật này, sản phẩm PCR được tạo ra nhờ các mồi neo ở vị trí cắt hạn chế của hai enzyme BfaI và MseI và yếu tố gen nhảy. Các gen nhảy được xác định bằng PCR gắn (ligation-mediated PCR) bắt đầu trong phạm vi gen nhảy và nhân bản từ phần chuỗi kề bên đến vị trí cắt hạn chế đặc thù. Sản phẩm PCR có thể phân tích trên gel polyacrylamide. TD được sử dụng đầu tiên để khám phá số bản sao của nhóm gen nhảy dTph1 (TIRs) ở Petunia và các sự kiện bổ sung nucleotide [189].
Để có thể sử dụng các chỉ thị xác định được bằng các mồi ngẫu nhiên (như RAPD, AFLP v.v.) và khắc phục nhược điểm mẫn cảm với điều kiện phản ứng của các phản ứng với mồi ngẫu nhiên, kỹ thuật chỉ thị SCAR được phát triển và sử dụng. Kỹ thuật SCAR là kỹ thuật chỉ thị dựa vào PCR tạo ra các phân đoạn DNA tại các locus xác định bằng sử dụng các mồi nucleotide đặc thù [137]. SCAR được tiến hành bằng cách tách dòng sản phẩm PCR với các mồi ngẫu nhiên sau đó đọc trình tự hai đầu đoạn tách dòng. Dựa vào trình tự hai đầu này để thiết kế cặp mồi với độ dài 15 đến 30 bp để nhân băng đơn với kích thước tương tự như phân đoạn được nhân dòng. Sự đa hình được xác định bằng sự có mặt hay vắng mặt của băng được nhân bản hoặc sự suất hiện đa hình về chiều dài đồng thời chuyển chỉ thị trội thành chỉ thị SCAR đồng trội. Kỹ thuật SCAR được dùng để phân tích thư viện genome [31], xác định các locus đặc thù [137], chọn giống nhờ chỉ thị phân tử [95].
tải về 0.52 Mb. Chia sẻ với bạn bè của bạn:
|