Microsoft Word tcsh14-027-Nguyen Duc Thanh Dzung edited doc

Những  thay  đổi  một  nucleotide  trong  trình 

tự  genome  của  các  cá  thể  trong  quần  thể  được 

gọi  là  đa  hình  nucleotide  đơn  (SNP). Các  vị  trí 

thể  hiện  SNP  trong  genome  là  nơi  mà  ở  đó 

chuỗi  DNA  được  phân  biệt  bởi  một  bazơ  duy 

nhất khi hai hoặc nhiều cá thể được so sánh. Sự 

khác nhau về nucleotide này có thể dẫn đến thay 

đổi  tính  trạng  đặc  biệt  hay  kiểu  hình,  hoặc  có 

thể là sự thay đổi trung tính có thể được sử dụng 

để  đánh  giá  sự  đa  dạng  trong  tiến  hóa.  SNP  là 

dạng  thay  đổi  trình  tự  trong  genome  phổ  biến 

nhất  cho  tới  nay.  Ở  ngô  cứ  60  đến  100  bp  có 

một SNP [35], ở người 90% thay đổi trình tự là 

thay  đổi  nucleotide  đơn  và  cứ  1000  bp  có  một 

SNP [155]. 

Ở  thực  vật,  SNP  đang  được  thay  thế  cho 

SSR  như  chỉ  thị  cho  các  ứng  dụng  trong  di 

truyền  và chọn giống. SNP có số lượng lớn, ổn 

định,  hiệu  quả,  cho  phép  tự  động  hóa,  và  ngày 

càng kinh tế hơn [44, 46]. Hơn nữa, SNP xảy ra 

cả ở các vùng  mã  và không  mã của DNA  nhân 

và  lục  lạp.  Nguồn  SNP  hiện  đang  được  phát 

triển và thông tin rộng rãi cho nhiều ứng dụng ở 

lúa. Các nguồn này bao gồm cơ sở dữ liệu SNP, 

phương  tiện  để  xác  định  các  SNP  mang  nhiều 

thông tin cho các mục đích ứng dụng và bộ SNP 

cho  đánh  giá  được  thiết  kế  theo  đặt  hàng  phục 

vụ mục đích chọn lọc nhờ chỉ thị phân tử. 

Mặc dù SNP có các ưu việt hơn các kỹ thuật 

khác, nó vẫn có một số nhược điểm như: sự hạn 

chế  khám  phá  các  SNP  trong  các  cơ  thể  không 

phải hình mẫu do sự tốn kém và khó khăn trong 

các công  nghệ đang được sử  dụng để phát hiện 

SNP. 

Có rất nhiều phương pháp để phát hiện SNP 

biệt,  SNP  microarray),  các  phương  pháp  sử 

dụng  các  emzyme  (RFLP,  PCR,  phương  pháp 

kéo  dài  mồi,  sử  dụng  5’-nuclease  v.v.),  các 

phương pháp dựa trên tính chất vật lý của DNA 

đối  với  các  sản  phẩm  PCR  (SSCP,  điện  di 

gradient  nhiệt  độ,  sắc  ký  lỏng  cao  áp  biến  tính 

v.v.)  và  phương  pháp  giải  trình  tự.  Độc  giả  có 

thể  tìm  hiểu  sâu  hơn  về  các  phương  pháp  phát 

hiện  SNP  trong  công  bố  của  Kwork  &  Chen 

(2003)  [94]  và  tổng  quan  của  Jehan  & 

Lakhanpaul (2006) [76]. 

Chiến  lược  trực  tiếp  điển  hình  cho  khám 

phá các SNP là giải trình tự các sản phẩm nhân 

bản  các  locus  đặc  thù  (locus  specific 

amplification-LSA)  từ  nhiều  cá  thể  hoặc  xác 

định trình tự các chuỗi thể  hiện được đánh  dấu 

(giải  trình  tự  các  EST)  [165,  188].  Các  chiến 

lược trực tiếp khác có thể kể đến như: giải trình 

tự toàn bộ hệ gen hoặc giải trình tự các vùng đại 

diện.  Nếu  có  các  dữ  liệu  về  các  chuỗi  cần  so 

sánh trên mạng thông tin đại chúng hoặc các cơ 

sỏ dữ liệu khác thì có thể tiến hành các so sánh 

để phát hiện ra SNP [61]. Phân tích trực tiếp sự 

Các kỹ thuật chỉ thị DNA  

 

277 

khác  nhau  trong  trình  tự  giữa  nhiều  cá  thể  với 

số lượng lớn các locus có thể đạt được bởi công 

nghệ  giải  trình  tự  thế  hệ  thứ  hai  (next-

generation sequencing). Giải trình tự lại  hay tái 

giải  trình  tự  (re-sequencing)  được  sử  dụng  để 

xác định sự thay đổi ở các cá thể có thể cho các 

chỉ  thị  di  truyền  phân  tử  và  thấy  được  vai  trò 

của  gen.  Quá  trình  tái  giải  giải  trình  toàn  bộ 

genome (whole-genome re-sequencing) sử dụng 

công nghệ đọc ngắn (short-read technology) bao 

gồm sự so sánh  những bộ  hàng triệu chuỗi đọc 

lần  lượt  từng  nucleotide  với  chuỗi  genome  so 

sánh. Bằng kỹ thuật này có thể xác định được sự 

biến đổi trong chuỗi nucleotide của mẫu nghiên 

cứu và đối chứng. 

SNP  được  sử  dụng  trong  lập  bản  đồ  di 

truyền [88, 146, 203], trong nghiên cứu đa dạng 

di truyền [53, 83], trong nhận biết giống [74] và 

trong chọn giống [62]. 

tải về 0.52 Mb.

Chia sẻ với bạn bè của bạn: