Microsoft Word tcsh14-027-Nguyen Duc Thanh Dzung edited doc
Công nghệ thể hiện đa dạng (Diversity Arrays
tải về 0.52 Mb. Chế độ xem pdf
|
| Công nghệ thể hiện đa dạng (Diversity Arrays
Technology-DArT)
Hình 4. Sơ đồ các bước tiến hành DArT
A. Pa-nen đa dạng. Genomic DNA của các mẫu nghiên cứu được gộp với nhau. Sau đó DNA được cắt bằng các enzyme cắt hạn chế được chọn và gắn với các tiếp hợp. Mức độ phức tạp của genome được giảm thiểu bằng PCR với các mồi có nucleotide chọn lọc. Các phân đoạn đại diện được nhân bản bằng các mồi đặc hiệu cho vector và nhân dòng, sản phẩm PCR được tinh sạch và gắn lên slide. B. Sự khác nhau giữa hai mẫu thể hiện bằng DArT. Hai mẫu genome được chuẩn bị theo phương pháp mô tả ở (A). Một mẫu được đánh dấu huỳnh quang mầu xanh, một mẫu được đánh dấu mầu đỏ, trộn với nhau và lai với pa-nen đa dạng. Tỷ lệ mức độ tín hiệu xanh/đỏ được đo ở mỗi lần và sự khác nhau về tỷ lệ tín hiệu cho thấy sự thể hiện khác nhau của các phân đoạn DNA [73].
Công nghệ thể hiện đa dạng (DArT) là công nghệ phân tích kiểu gen có tính phù hợp rộng và hiệu quả về kinh tế. Công nghệ này được phát triển để khắc phục một số nhược điểm của các công nghệ chỉ thị phân tử khác như RFLP, AFLP và SSR [4]. Đây là công nghệ khắc phục
Nguyen Duc Thanh 280
nhược điểm tốn kém về thời gian của các kỹ thuật dựa trên việc lai DNA và có thể phân tích hàng ngàn locus trong một lần thí nghiệm. DArT đặc biệt phù hợp cho phân tích kiểu gen các loài đa bội với hệ gen lớn. Công nghệ này có thể lấy dấu (fingerprint) toàn bộ hệ gen bằng việc ghi nhận sự có mặt hoặc vắng mặt các phân đoạn DNA trong hệ gen đại diện được hình thành từ các mẫu DNA genome. Công nghệ DArT gồm nhiều bước như: giảm thiểu sự phức tạp của mẫu DNA (bằng gộp DNA của các mẫu, cắt DNA bằng enzyme giới hạn và PCR với các mồi có nucleotide chọn lọc), tạo thư viện DNA, đưa các thư viện lên bản kính, lai với các DNA được đánh dấu huỳnh quang trên bản kính, quét bản kính để xác định tín hiệu lai, ghi chép số liệu và phân tích (hình 4). DArT giảm thiểu sự phức tạp của mẫu DNA để nhận đại diện của mẫu. Sự giảm thiểu này dựa trên việc kết hợp cắt hạn chế và gắn chuỗi tiếp hợp và kèm theo sự nhân bản bằng PCR. Chỉ thị DArT cho loài mới được khám phá bằng việc sàng lọc thư viện hàng ngàn phân đoạn DNA từ genome đại diện được chuẩn bị từ việc gộp các mẫu DNA chứa đựng sự đa dạng của loài. Hệ thống phân tích chip vi điểm (microarray platform) làm cho quá trình khám phá hiệu quả vì tất cả các chỉ thị trên một phân tích DArT cụ thể được ghi nhận đồng thời. Đối với mỗi phương pháp giảm thiểu phức tạp có một bộ chỉ thị DArT riêng phù hợp cho phân tích DArT riêng rẽ. Do đó, số lượng các chỉ thị cho mỗi loài nhất định chỉ phụ thuộc vào mức độ biến đổi trong loài và số phương pháp giảm thiểu phức tạp được sàng lọc.
tải về 0.52 Mb. Chia sẻ với bạn bè của bạn:
|