Loop-mediatied isothermal amplification -a novel method
applied to detect Edwardsiella ictaluri which causes disease
in tra catfish in Vietnam
Tran Thi Thanh Huyen1, Nguyen Thi Trung2, Truong Nam Hai2
1Faculty of Biology, Hanoi University of Science, VNU
2Institute of Biotechnology, VAST
E. ictaluri - a Gram negative, short and rod shape bacterium (1 um in diameter and 2-3 um long), non-motile, non-spore formation, nagative for indole, H2S and urease production, positive for hemolysin, catalase and chondroitinase production, is considered as one of the major pathogenic agents that causes disease in fish, necrotizes ogans such as liver, kidney spleen and brain of catfish, causing severe economic losses among fish farms in many countries in the world including in Vietnam. In recent year, tra catfish P. hypophthalmus infected with E. ictaluri results in losses profits to the catfish producers in Đong bang Song Cuu Long. Early detection of this pathogen is necesscery for disease control and reduce of economic loss. Many approaches have been used to detect pathogenic agents including conventional methods and molecular diagnostics. Conventional methods for identifying pathogens are mainly based on phenotypic characters, microbial’s isolation, histopathology and serological tests, eg.enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA)… Molecular diagnostics or nucleic acid-based assays such as polymerase chain reaction (PCR) and real-time PCR now have gained a wide popularity as a diagnostic tool. Although these common techniques are often accurate and sensitive, they require time to complete (time-consuming) and complicated.
In recent years, a novel method of DNA amplification known as LAMP (loop-mediated isothermal amplification) has been developed to detect target DNA (Notomi et al., 2000). LAMP is a sensitive autocycling strand displacement DNA synthesis performed by using a DNA polymerase with a high level of strand displacement activity and a set of specially designed inner and outer primers. To detect E. ictaluri by LAMP, a set of four primers (B3, F3, FIP, BIP) was designed basing on the eip18 sequence of E. ictaluri which has relatively low homology to the counterpart gene from other related bacteria. After amplification, the size of the basic target DNA was appropriately 230 bp by using LAMP and about 480 bp by using PCR. Conditions of the LAMP reaction for the detection of E. ictaluri were optimized as 50 min and 60°C for amplification. It revealed that no amplification of the target eip18 gene was detected in other related bacteria (eg. E. tadar), but E. ictaluri ATCC 33202 and E5 (Vietnam). The LAMP products were visualized easily and rapidly by naked-eyes, based on the color change of SYBR Green I from orange to green (positive) added to the tube after reaction termination. This is the first report of the application of LAMP to the diagnosis of a tra catfish pathogen (ie. Edwardsiella ictaluri) in Vietnam.
21. Hiệu lực tồn lưu, khả năng chịu giặt màn
permanet® 2.0 extra với muỗi trong phòng thí nghiệm
Phạm Thị Khoa
Viện Sốt rét, Ký sinh trùng, Côn trùng Trung ương
Màn PermaNet ®2.0 EXTRA là màn tẩm hóa chất theo công nghệ đặc biệt của công ty Vestergaard Frendsen. Kết quả thử nghiệm với loài muỗi truyền sốt rét Anopheles dirus trong phòng thí nghiệm cho thấy tỷ lệ muỗi chết sau 10 lần giặt đạt 100%; sau 20 lần giặt là 92,2%.
Sau 20 lần giặt màn vẫn có khả năng ức chế muỗi hút máu người, tỷ lệ muỗi chui qua chỗ thủng chết 97,0-99,2%.
Với loài muỗi truyền sốt Dengue, sốt xuất huyết Dengue sau 10 lần giặt tỷ lệ muỗi chết đạt 96,6-98,8 %. Sau 20 lần giặt tỷ lệ muỗi chết đạt 97,7%-99,1%.
Sau 20 lần giặt màn vẫn có khả năng ức chế muỗi hút máu người, tỷ lệ muỗi chui qua chỗ thủng chết 100%.
National Institute of Malariology, Parasiology and Entomology
PermaNet® 2.0 EXTRA Mosquito Net is a new combination product of Vestergaard Frandsen Company with residual insecticides. Bioassay tests results for species of malaria mosquitoes Anopheles dirus in laboratory showed that death rate of mosquitoes after washing 10 times to 100% after 20 times washing was 92.2%.
After washing 20 times the PermaNet® 2.0 EXTRA is still able to inhibit the mosquitoes suck blood, the percentage of dead mosquitoes go through a hole where 97.0 to 99.2%.
With mosquitoes transmit dengue fever, dengue hemorrhagic fever Aedes aegypti after washing 10 times the mosquito death rate reached 96.6 to 98.8%. After washing 20 times the mosquito death rate reached 97.7% -99.1%.
After 20 times the PermaNet® 2.0 EXTRA is still able to inhibit the mosquitoes suck blood, the percentage of dead mosquitoes go through a hole seat 100%.
22. Tách dòng gen mã cho Aryl hydrocarbon Receptor
Nuclear Translocator từ cá Chành đục Channa gachua
sống ở khu vực Mã Đà
Võ Thị Thương Lan, Đinh Bá Tuấn
Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, ĐHQGHN
Aryl hydrocarbon Receptor Nuclear Translocator (ARNT) là một thành viên thuộc siêu họ protein PAS. ARNT tham gia vào nhiều đáp ứng của sinh vật đối với các điều kiện môi trường như đáp ứng với chất lạ, sự thay đổi nồng độ oxy và quá trình phát triển của sinh vật. Vai trò quan trọng nhất của ARNT là trung gian cho quá trình đáp ứng với dioxin thông qua thụ thể Aryl hydrocarbon Receptor (AHR), dẫn đến sự biểu hiện của một loạt các enzyme trao đổi chất. Trong nghiên cứu này, chúng tôi phân lập ARNT của cá Chành đục Channa gachua thu tại khu vực Mã Đà, một trong những nơi bị rải chất độc hóa học nhiều nhất trong chiến tranh. So sánh trình tự thu được với các trình tự ARNT đã được công bố cho thấy vùng bHLH, tham gia vào quá trình bám ADN hoạt hóa phiên mã của ARNT có tính bảo thủ cao trong khi vùng PASA, tham gia vào quá trình dimer hóa với ARNT ít bảo thủ hơn.
