Luận văn thạc sĩ Sinh học Hoàng Đăng Hiếu

Luận văn thạc sĩ Sinh học Hoàng Đăng Hiếu

MỞ ĐẦU 1

Chương 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3

1.1. Tổng quan về cây dó bầu 3

1.1.1. Đặc điểm phân loại và vị trí phân bố của cây dó bầu 3

1.1.2. Đặc điểm sinh trưởng của cây dó bầu 4

1.1.3. Giá trị kinh tế và sinh thái của cây dó bầu 6

1.1.4. Thực trạng trồng và khai thác cây dó bầu trong nước và trên thế giới 8

1.1.5. Các nhân tố ảnh hưởng tới khả năng tạo trầm nhân tạo 10

1.2. Một số phương pháp sử dụng trong việc định danh loài và xác định quan hệ di truyền 11

1.3. DNA barcode - quan điểm mới trong phân loại 13

1.3.1. Giới thiệu DNA barcode 13

1.3.2. Các đặc điểm cơ bản của trình tự barcode 14

1.4. Một số locus được sử dụng trong phương pháp DNA barcode ở thực vật 16

1.4.1. Trình tự gen nhân 16

1.4.2. Vùng gen mã hóa ribosome 16

1.4.3. Trình tự gen luc lạp 17

Bảng 1.1. Thông tin của một số mồi DNA Barcode thiết kế cho hệ gen lục lạp 17

1.4.4. Trình tự gen rbcL 18

1.4.5. Trình tự gen matK 19

1.4.6. Trình tự gen rpoB và rpoC1 19

1.4.7. Trình tự gen ycf5 20

1.4.8. Trình tự hai gen trnH-psbA 20

1.4.9. Trình tự hai gen trnL(UAA)-trnF(GAA) 20

1.5. Tình hình nghiên cứu DNA barcode ở thực vật 21

1.6. Một số kết quả trong nghiên cứu về cây dó bầu tại Việt Nam và trên thế giới 22

Chương 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 24

2.1.Vật liệu 24

2.1.1. Thực vật 24

Bảng 2.1. Thông tin về các mẫu dó bầu dùng trong nghiên cứu 24

2.1.2. Chủng vi khuẩn 25

2.1.3. Hóa chất 25

2.1.4. Máy móc thiết bị 25

2.1.5. Các cặp mồi sử dụng trong nghiên cứu 26

Bảng 2.2.Trình tự các cặp mồi nhân bản gen barcode 26

2.2. Phương pháp nghiên cứu 26

2.2.1. Các bước nghiên cứu 26

2.2.2. Các phương pháp nghiên cứu 26

Bảng 2.3. Thành phần dung dịch đệm rửa 27

Bảng 2.4. Thành phần dung dịch đệm tách 27

Bảng 2.5. Thành phần phản ứng PCR 28

Bảng 2.6. Chu kỳ phản ứng PCR 28

Bảng 2.7. Thành phần phản ứng ligase 30

Bảng 2.8. Thành phần môi trường chọn lọc tế bào vi khuẩn mang DNA tái tổ hợp 31

Bảng 2.9. Thành phần phản ứng PCR kiểm tra khuẩn lạc 32

Bảng 2.10. Chu kỳ phản ứng PCR- clony 32

Bảng 2.11. Thành phần hóa chất tách plasmid 32

Bảng 2.12. Thành phần hóa chất dùng trong phản ứng cắt enzyme 33

Chương 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 35

3.1. Kết quả tách chiết và tinh sạch DNA tổng số 35

3.2. Tìm nhiệt độ gắn mồi đăc hiệu của phản ứng PCR 36

Bảng 3.1 Nhiệt độ bắt mồi và kích thước gen của các cặp mồi nghiên cứu 36

3.3. Kết quả nhân bản gen với các cặp mồi nghiên cứu 38

3.3.1. Kết quả nhân bản gen rbcL 38

3.3.2. Kết quả nhân bản gen rpoB 38

3.3.3 Kế quả nhân bản gen psbA-trnH 39

3.3.4. Kết quả nhân bản gen ITS 40

3.4. Kết quả tách dòng gen 40

3.4.1 Kết quả tinh sạch sản phẩm PCR (thôi gel) 40

3.4.2. Kết quả chuyển gen vào vector tách dòng 41

3.4.3. Kêt quả biến nạp DNA plasmid vào tế bào khả biến E. coli 41

3.4.4 Kết quả chọn lọc dòng tế bào mang gen tái tổ hợp 42

3.4.5. Kết quả tách chiết plasmid tái tổ hợp 44

3.4.6. Kết quả cắt kiểm tra plasmid tái tổ hợp 44

3.5. Xác định và phân tích trình tự nucleotide của các đoạn DNA chỉ thị 45

3.5.1. Kết quả xác định và phân tích trình tự gen trn-psbA 46

Bảng 3.2. So sánh trình tự vùng trnH-psbA intergenic lục lạp 47

3.5.2. Kết quả xác định và phân tích trình tự gen rpoB 49

Bảng 3.3. So sánh trình tự vùng gen lục lạp rpoB 50

3.5.3. Kết quả xác định và phân tích trình tự vùng gen lục lạp rbcL 52

Bảng 3.4. So sánh trình tự vùng gen lục lạp rbcL 54

Bảng 3.5. Vị trí sai có thể khác dùng để phân loại của đoạn gen vùng rbcL 55

3.5.4. Kết quả xác định và phân tích trình tự gen ITS 56

Bảng 3.6. So sánh trình tự vùng gen ribosom ITS 58

Bảng 3.7. Các vị trí sai khác dùng để phân loại của đoạn gen vùng ITS 59

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 62

TÀI LIỆU THAM KHẢO 63

Bảng 1.1. Thông tin của một số mồi DNA Barcode thiết kế cho hệ gen lục lạp 17

Bảng 2.1. Thông tin về các mẫu dó bầu dùng trong nghiên cứu 24

Bảng 2.2.Trình tự các cặp mồi nhân bản gen barcode 26

Bảng 2.3. Thành phần dung dịch đệm rửa 27

Bảng 2.4. Thành phần dung dịch đệm tách 27

Bảng 2.5. Thành phần phản ứng PCR 28

Bảng 2.6. Chu kỳ phản ứng PCR 28

Bảng 2.7. Thành phần phản ứng ligase 30

Bảng 2.8. Thành phần môi trường chọn lọc tế bào vi khuẩn mang DNA tái tổ hợp 31

Bảng 2.9. Thành phần phản ứng PCR kiểm tra khuẩn lạc 32

Bảng 2.10. Chu kỳ phản ứng PCR- clony 32

Bảng 2.11. Thành phần hóa chất tách plasmid 32

Bảng 2.12. Thành phần hóa chất dùng trong phản ứng cắt enzyme 33

Bảng 3.1 Nhiệt độ bắt mồi và kích thước gen của các cặp mồi nghiên cứu 36

Bảng 3.2. So sánh trình tự vùng trnH-psbA intergenic lục lạp 47

Bảng 3.3. So sánh trình tự vùng gen lục lạp rpoB 50

Bảng 3.4. So sánh trình tự vùng gen lục lạp rbcL 54

Bảng 3.5. Vị trí sai có thể khác dùng để phân loại của đoạn gen vùng rbcL 55

Bảng 3.6. So sánh trình tự vùng gen ribosom ITS 58

Bảng 3.7. Các vị trí sai khác dùng để phân loại của đoạn gen vùng ITS 59

Hình 1.1. Lá cây dó bầu 3

Hình 1.2. Hoa và quả cây dó bầu 6

Hình 2.1. Sơ đồ vector pBT 29

Hình 3.1. Kết quả điện di DNA tổng số của một số mẫu dó bầu nghiên cứu 35

Hình 3.2. Kết quả chạy PCR - gradient của chỉ thị rpoB
ở các ngưỡng nhiệt độ từ 49oC tới 58oC 37

Hình 3.3. Kết quả điện di sản phẩm PCR gen rbcLcủa các mẫu dó bầu nghiên cứu 38

Hình 3.4. Kết quả điện di sản phẩm PCR gen rpoB của các mẫu dó bầu nghiên cứu 39

Hình 3.5.Kết quả điện di sản phẩm PCR gen psbA-trnH của các mẫu dó bầu nghiên cứu 39

Hình 3.6. Kết quả điện di sản phẩm PCR gen ITS của các mẫu dó bầu nghiên cứu 40

Hình 3.7. Kết quả tinh sạch sản phẩm PCR gen rpoB 41

Hình 3.8. Kết quả biến nạp vector tái tổ hợp vào tế bào khả biến 42

Hình 3.9. Kết quả điện di sản phẩm PCR - clony khuẩn lạc mồi rbcL 43

Hình 3.10. Kết quả điện di plasmid tách chiết 44

Hình 3.11. Kết quả điện di sản phẩm cắt bằng enzyme BamHI mồi rbcL. 45

Hình 3.12. Cây phân loại giữa trên kết quả mồi ITS 60

Каталог: files -> ChuaChuyenDoi
ChuaChuyenDoi -> ĐẠi học quốc gia hà NỘi trưỜng đẠi học khoa học tự nhiên nguyễn Thị Hương XÂy dựng quy trình quản lý CÁc công trìNH
ChuaChuyenDoi -> TS. NguyÔn Lai Thµnh
ChuaChuyenDoi -> Luận văn Cao học Người hướng dẫn: ts. Nguyễn Thị Hồng Vân
ChuaChuyenDoi -> 1 Một số vấn đề cơ bản về đất đai và sử dụng đất 05 1 Đất đai 05
ChuaChuyenDoi -> Lê Thị Phương XÂy dựng cơ SỞ DỮ liệu sinh học phân tử trong nhận dạng các loàI ĐỘng vật hoang dã phục vụ thực thi pháp luật và nghiên cứU
ChuaChuyenDoi -> TRƯỜng đẠi học khoa học tự nhiên nguyễn Hà Linh
ChuaChuyenDoi -> ĐÁnh giá Đa dạng di truyền một số MẪu giống lúa thu thập tại làO
ChuaChuyenDoi -> TRƯỜng đẠi học khoa học tự nhiêN
ChuaChuyenDoi -> TRƯỜng đẠi học khoa học tự nhiên nguyễn Văn Cường