TRƯỜng đẠi học sư phạm cộng hòa xã HỘi chủ nghĩa việt nam



tải về 63.47 Kb.
Chuyển đổi dữ liệu19.08.2016
Kích63.47 Kb.
#23921

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN

TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM

CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM

Độc lập – Tự do – Hạnh phúc




ĐỀ C­ƯƠNG MÔN HỌC

TIN SINH HỌC- Lớp Chất lượng cao

Bioinformatics

Mã số môn học: BIF 221
1. Thông tin chung về môn học

Số tín chỉ: (1,0: 1,0); Số tiết: Tổng: 30, LT: 15, TH: 28 (14 x 2), KT: 1,0

Loại môn học: Bắt buộc

Các học phần tiên quyết:

Môn học trước:

Môn học song hành:

Bộ môn phụ trách: Di truyền và Sinh học hiện đại
2. Mô tả tóm tắt nội dung môn học

Tin sinh học (Bioinformatics) là môn học hiện đại, đề cập tới những vấn đề cơ bản, khái quát nhất của Tin sinh học như: Đối tượng nghiên cứu, cơ sở dữ liệu, phân tích cấu trúc trình tự nucleotide và amino acid, thiết kế cặp mồi PCR, phân tích cấu trúc không gian của protein, phát triển phương pháp tìm kiếm, khai thác thông tin cơ sở dữ liệu sinh học và công nghệ sinh học, ứng dụng một số phần mềm trong nghiên cứu sinh học.



3. Mục tiêu của môn học

Sau khi kết thúc môn học, người học sẽ phải đạt được một số mục tiêu cơ bản sau:

i) Kiến thức:


  • Sinh viên được tiếp cận và nắm được những kiến thức cơ bản nhất về Tin sinh học bao gồm: Cơ sở dữ liệu và phát triển phương pháp tìm kiếm, khai thác thông tin cơ sở dữ liệu sinh học và công nghệ sinh học, phân tích các chuỗi sinh học;

  • Nắm được nguyên tắc, biết cách sử dụng cơ sở dữ liệu NCBI và một số phần mềm trong phân tích dữ liệu sinh học và công nghệ sinh học;

  • Hiểu và biết vận dụng những thành tựu của Tin sinh học vào thực tiễn.

ii) Kỹ năng: Sinh viên được phát triển năng lực ứng dụng công nghệ thông tin trong nghiên cứu sinh học, rèn luyện các kỹ năng phân tích, so sánh. Cụ thể là:

  • Thành thạo tương tác với cơ sở dữ liệu NCBI;

  • Thành thạo sử dụng một số chương trình phân tích, như: BLAST trong NCBI, ClustalW trong BioEdit, DNAstar.

  • Biết cách tìm kiếm, khai thác thông tin cơ sở dữ liệu sinh học và công nghệ sinh học;

  • Vận dụng được các kiến thức Tin sinh học vào thực tiễn đời sống và giảng dạy, nghiên cứu sau này.

iii) Thái độ

  • Sinh viên nhận thức được vị trí, vai trò của công nghệ thông tin trong học tập và trong nghiên cứu phục vụ công tác và lợi ích của con người.

  • Tích cực, chủ động trong học tập để chuẩn bị cho giảng dạy, nghiên cứu và phục vụ cuộc sống sau này.

4. Mô tả môn học bằng tiếng Anh

Bioinformatics is the modern subject, referring to the basics, generalize of bioinformatics such as research object, database, structural analysis of nucleotide sequences and amino acid sequences, design of PCR primers, space structural analysis of protein, developing search methods, exploiting information of database on biology and biotechnology, the application of some software in biological and biotechnological research.



5. Tài liệu học tập

[1] Chu Hoàng Mậu (2013), Đề cương bài giảng Tin sinh học

[2] Nguyễn Văn Cách (2005), Tin Sinh học. Nxb Khoa học và Kỹ thuật Hà Nội

6. Tài liệu tham khảo

[3] Andreas D. Baxevanis; B.F. Francis Ouellette (2001), Bioinfomatics - A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. Wiley Interscience, New York.

[4] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/; www.embl.org/; http://www.ddbj.nig.ac.jp.

[5] Chu Văn Mẫn (2009), Tin học trong công nghệ sinh học. Nxb Giáo dục Việt Nam.



7. Nhiệm vụ của sinh viên

7.1. Phần lý thuyết, bài tập, thảo luận

  • Dự lớp  80 % tổng số thời lượng của học phần;

  • Đọc tài liệu trước khi lên lớp;

  • Chuẩn bị các câu hỏi trao đổi;

  • Hoàn thành các bài tập tiểu luận, trình bày các báo cáo thảo luận nhỏ.

7.2. Phần thí nghiệm, thực hành

i) Các bài thực hành của môn học

Thực hành 1: Phân tích một số trị số thống kê trên máy vi tính: Trung bình, phương sai, độ lệch, sai sô trung bình.

Thực hành 2: Phân tích phương sai và phân tích tương quan, hồi quy

Thực hành 3: Nghiên cứu cơ sở dữ liệu của NCBI.

Thực hành 4: (1) So sánh trình tự trình tự nucleotide và amino acid bằng chương trình ClustalW trong phần mềm BioEdit, DNAstar. (2) Xác định hệ số tương đồng, hệ số phân ly và sơ đồ phả hệ bằng phần mềm Tin sinh học.

Thực hành 5: Nghiên cứu thông tin về gen và thiết kế cặp mồi PCR nhân bản gen.

Thực hành 6: (1) Phân tích cấu trúc protein; (2) Tạo cấu trúc không gian của protein.

Thực hành 7: Khai thác thông tin cơ sở dữ liệu sinh học và công nghệ sinh học: (1) Cơ sở dữ liệu RFLP, EST, trình tự nucleotide và trình tự amino acid (GenBank)

(2) Dịch vụ PubMed, PubMed Central ...



ii) Yêu cầu: Sinh viên dự đủ 100% các bài thực hành, kết quả các bài thực hành được đánh giá bằng điểm trên thanh điểm 10. Thành thạo các kỹ năng làm việc cơ sở dữ liệu của NCBI, sử dụng thành thạo các chương trình phân tích sinh học và công nghệ sinh học.

8. Tiêu chuẩn đánh giá sinh viên và thang điểm

- Điểm đánh giá bộ phận chấm theo thang điểm 10 với trọng số như sau:

  • Kiểm tra giữa học phần: 0,1

  • Chuyên cần: Đánh giá qua số buổi dự học, phát biểu thảo luận trên lớp, hoàn thành bài tập nhỏ ngoài giờ: 0,1

  • Tiểu luận: 0,1

  • Thực hành: 0,2

  • Điểm thi kết thúc học phần: 0,5

- Hình thức thi: Vấn đáp trên máy vi tính có nối mạng.

- Điểm học phần: Là điểm trung bình chung có trọng số của các điểm đánh giá bộ phận và điểm thi kết thúc học phần làm tròn đến một chữ số thập phân.

9. Nội dung chi tiết môn học

Nội dung

Số tiết

Tài liệu học tập

Mở đầu

1. Tin sinh học (Bioinformatics)

1.1. Đối tượng nghiên cứu

1.2. Các lĩnh vực nghiên cứu và ngành nghề của Tin sinh học

1.3. Phương pháp tiếp cận trong nghiên cứu Tin sinh học

1.4. Thành tựu của Tin sinh học



Hướng dẫn tự học: Tìm hiểu các thành tựu của Tin sinh học trong sinh học và công nghệ sinh học

LT:4,0

[1] [2] [3], [5]

2. Truy cập tìm kiếm dữ liệu thông tin internet

Hướng dẫn tự học: (1) Một số vấn đề cơ bản về công nghệ thông tin, internet, thư điện tử; (2) Web sinh học; (3) Dịch vụ và tìm kiếm dữ liệu.

3. Sử dụng công nghệ thông tin trong xử lý các dữ liệu thống kê sinh học






[2] [5]

Phương pháp: Nghe giảng do Giảng viên trình bày; GV và SV trao đổi. Sinh viên tự đọc thêm theo hướng dẫn của Giảng viên.

Yêu cầu: Hoàn thành báo cáo nhỏ về thành tựu của Tin sinh học, tìm kiếm dữ liệu sinh học và công nghệ sinh học trên mạng internet;

Đánh giá: Mức độ hoàn thành báo cáo theo yêu cầu

Địa điểm học: Giảng đường có máy chiếu.







Thực hành 1: Phân tích một số trị số thống kê trên máy vi tính: Trung bình, phương sai, độ lệch, sai sô trung bình.

TH:2,0

(2x2)





Thực hành 2. Phân tích phương sai và phân tích tương quan, hồi quy

TH:2,0

(2x2)





Chương 1. Cơ sở dữ liệu công nghệ sinh học

1.1. Đặc điểm của dữ liệu công nghệ sinh hoc.

1.1.1. Đặc điểm

1.1.2. Dữ liệu sơ cấp và thứ cấp.

1.2. Một số cơ sở dữ liệu công nghệ sinh học lớn trên thế giới

1.2.1. Cơ sở dữ liệu Trung tâm Thông tin Quốc gia về Công nghệ sinh học Hoa Kỳ (http://ncbi.nlm.nih.gov/)- Giới thiệu những nội dung cơ bản về dữ liệu NCBI.

1.2.2. Cơ sở dữ liệu Công nghệ sinh học Châu Âu EMBL (www.embl.org/

1.2.3. Cơ sở dữ liệu Công nghệ sinh học Nhật Bản DDBJ (http://www.ddbj.nig.ac.jp


LT: 4,0

TH:2,0


(2x2)

[1], [2] [3] [4] [5]

Phương pháp: Nghe giảng do Giảng viên trình bày; GV hướng dẫn và có sự thảo luận nhỏ.

Yêu cầu: Đọc trước tài liệu học tập theo yêu cầu, ghi chép. Hoàn thành báo cáo ngắn về các cơ sở dữ liệu sinh học và công nghệ sinh học.

Đánh giá: Mức độ hoàn thành báo cáo theo yêu cầu

Địa điểm học: Giảng đường có máy chiếu.







Thực hành 3: Nghiên cứu cơ sở dữ liệu của NCBI
Phương pháp: Thực hiện các yêu cầu của bài tập thực hành theo hướng dẫn và yêu cầu cuả giảng viên.

Yêu cầu: Đọc trước tài liệu hướng dẫn và nghiên cứu trước web (http://ncbi.nlm.nih.gov/).

Đánh giá: Dựa trên kết quả hoàn thành báo cáo thực hành.

Địa điểm học: tại phòng máy tính có nối mạng.

TH: 2,0

2 x 2


[1] [2] [4]

Chương 2. Phân tích trình tự nucleotide và amino acid

2.1. Cơ sở xây dựng chương trình xử lý dữ liệu nucleotide và amino acid;

2.2. Chương trình phân tích trình tự nucleotide và amino acid ClustalW: (1) Phần mềm BioEdit, DNAstar và chương trình ClustalW; (2) Phân tích so sánh trình tự nucleotide và amino acid bằng ClustalW.

2.3. Chương trình phân tích trình tự nucleotide và amino acid tương đồng BLAST: (1) Đại cương về BLAST, (2) Sử dụng chương trình BLAST.

2.4. Lựa chọn trình tự trên NCBI và phân tích đa dạng trình tự nucleotide và amino acid;


LT: 5,0

TH: 2,0


(2 x 2)

[1] [4]

Phương pháp: Nghe giảng do Giảng viên trình bày; GV hướng dẫn và có sự thảo luận nhỏ.

Yêu cầu: Đọc trước tài liệu học tập theo yêu cầu, ghi chép.

Đánh giá: Mức độ hoàn thành bài tập theo yêu cầu

Địa điểm học: Giảng đường có máy chiếu.







Thực hành 4: (1) So sánh trình tự trình tự nucleotide và amino acid bằng chương trình ClustalW trong phần mềm BioEdit, DNAstar. (2) Xác định hệ số tương đồng, hệ số phân ly và sơ đồ phả hệ bằng phần mềm Tin sinh học.
Phương pháp: Thực hiện các yêu cầu của bài tập thực hành theo hướng dẫn và yêu cầu cuả giảng viên.

Yêu cầu: Đọc trước tài liệu hướng dẫn.

Đánh giá: Dựa trên kết quả hoàn thành bài tập được giao.

Địa điểm học: tại phòng máy tính có nối mạng.

TH: 2,0 2 x 2

[1] [4]

Chương 4. Sử dụng Tin sinh học trong thiết kế cặp mồi PCR

3.1. Đặc điểm của cặp mồi PCR;

3.2. Đại cương về chương trình thiết kế và lựa chọn đoạn mồi;

3.3. Thiết kế cặp mồi bằng phần mềm máy tính;

3.4. Thiết kế cặp mồi PCR bằng phương pháp khác.

3.5. Đăng ký trình tự gen trên Ngân hàng gen quốc tế



LT: 2,0

TH: 2,0


( 2x 2)

[1] [2] [4]

Phương pháp: Nghe giảng do Giảng viên trình bày;

Yêu cầu: Đọc trước tài liệu học tập theo yêu cầu, ghi chép.

Đánh giá: Mức độ hoàn thành bài tập theo yêu cầu

Địa điểm học: Giảng đường có máy chiếu.







Thực hành 5. Nghiên cứu thông tin về gen và thiết kế cặp mồi PCR nhân bản gen.

Phương pháp: Thực hiện các yêu cầu của bài tập thực hành theo hướng dẫn và yêu cầu cuả giảng viên.

Yêu cầu: Đọc trước tài liệu hướng dẫn.

Đánh giá: Dựa trên kết quả hoàn thành bài tập được giao.

Địa điểm học: tại phòng máy tính có nối mạng.

TH: 2,0

2 x 2


[1] [4] [5]

Thực hành 6 Phân tích cấu trúc không gian của protein: (1) Phân tích cấu trúc protein; (2) Tạo cấu trúc không gian của protein.
Phương pháp: Thực hiện các yêu cầu của bài tập thực hành theo hướng dẫn và yêu cầu cuả giảng viên.

Yêu cầu: Đọc trước tài liệu hướng dẫn và nghiên cứu trước phần mềm.

Đánh giá: Dựa trên kết quả hoàn thành bài tập được giao.

Địa điểm học: tại phòng máy tính có nối mạng

TH: 2,0 2 x 2

[1] [2] [4] [5]

Thực hành 7. Khai thác thông tin cơ sở dữ liệu sinh học và công nghệ sinh học: (1) Cơ sở dữ liệu RFLP, EST, trình tự nucleotide và trình tự amino acid (GenBank)

(2) Dịch vụ PubMed, PubMed Central...


Phương pháp: Thực hiện các yêu cầu của bài tập thực hành theo hướng dẫn và yêu cầu cuả giảng viên.

Yêu cầu: Đọc trước tài liệu hướng dẫn và nghiên cứu web NCBI.

Đánh giá: Dựa trên kết quả hoàn thành bài tập được giao.

Địa điểm học: tại phòng máy tính có nối mạng

TH: 2,0

(2x2)


[1] [2] [4]

Kiểm tra: Đánh giá kỹ năng phân tích dữ liệu và thiết kế cặp mồi PCR bằng các bài tập thực hành trên máy tính nối mạng

KT: 1,0




Tiểu luận

1. Viết bài tổng quan về một vấn đề nhỏ bằng sự khai thác thông tin các bài báo công bố trong 5 năm của NCBI;



2. Xây dựng một ý tưởng nghiên cứu







Ngày 10 tháng 8 năm 2014

Hiệu trưởng

Trưởng khoa

Lê Ngọc Công

Trưởng bộ môn

Chu Hoàng Mậu

Người biên soạn

Chu Hoàng Mậu

Каталог: sites -> chuhoangmau -> Lists -> Thng%20bo%20mi -> Attachments
sites -> KÕt qu¶ ®Ò tµi "nghiªn cøu trång rõng Tr¸m tr¾ng
sites -> Mẫu tkn1 CỘng hoà XÃ HỘi chủ nghĩa việt nam độc lập Tự do Hạnh phúc
sites -> CỘng hòa xã HỘi chủ nghĩa việt nam độc lập Tự do Hạnh phúc ĐĂng ký thất nghiệP
sites -> BỘ TÀi chính —— Số: 25/2015/tt-btc cộng hoà XÃ HỘi chủ nghĩa việt nam
sites -> CỘng hòa xã HỘi chủ nghĩa việt nam độc lập Tự do Hạnh phúc TỜ khai của ngưỜi hưỞng trợ CẤP
sites -> BỘ giáo dục và ĐÀo tạO –––– Số: 40
Attachments -> Chương 4 phân tích di truyền sinh vật chuyển gen mục tiêu
Attachments -> Chương 5 Ứng dụng tin sinh học trong phân tích di truyền mục tiêu

tải về 63.47 Kb.

Chia sẻ với bạn bè của bạn:




Cơ sở dữ liệu được bảo vệ bởi bản quyền ©hocday.com 2024
được sử dụng cho việc quản lý

    Quê hương