Giới hạn của FFR Việc sử dụng chỉ số FFR để đánh giá khả năng gây thiếu máu cục bộ cơ tim của một tổn thương hẹp động mạch vành bị hạn chế trong một vài trường hợp. Thứ nhất, ở bệnh nhân có phì đại thất trái, khả năng đáp ứng với thuốc dãn mạch kém hơn, do đó FFR ³ 0.75 có thể không chính xác để loại trừ tổn thương gây thiếu máu cục bộ cơ tim. Thứ hai, FFR chỉ có giá trị với tổn thương động mạch vành thượng tâm mạc, và không cung cấp thông tin về hệ thống vi mạch. Đối với bệnh nhân có rối loạn hệ thống vi mạch, FFR có thể bị đánh giá cao hơn thực tế. Trong trường hợp này, FFR và CFR nên được đo cùng lúc. FFR thấp và CFR thấp chứng tỏ tổn thương ở động mạch thượng tâm mạch, trong lúc FFR thấp và CFR cao chứng tỏ sự bất thường của hệ vi mạch.