2.3. ĐÁNH GIÁ CÁC GIÁ TRỊ HỮU ÍCH CỦA PHƯƠNG PHÁP 2.3.1. Tiêu chuẩn xác định chẩn đoán dương tính và âm tính
Tiêu chuẩn chẩn đoán viêm màng não nghi do vi khuẩn liên cầu lợnliên cầu khuẩn lợn (S. suis):
-
Lâm sàng: có các dấu hiệu nhiễm trùng hệ thần kinh trung ương – viêm màng não (sốt, đau đầu, buồn nôn, nôn, cứng gáy, lơ mơ, hôn mê, bầm tím, ban đỏ…).
-
Có tiền sử dịch tễ liên quan đến lợn/sản phẩm sống của lợn (giết mổ, bán, ăn tiết canh..)
Tiêu chuẩn chẩn đoán xác định viêm màng não do vi khuẩn liên cầu lợnliên cầu khuẩn lợn (S. suis) nhằm mục đích phân tích so sánh kết quả của phương pháp nuôi cấy phân lập và phương pháp PCR đa mồi như sau:
-
Lâm sàng: có dấu hiệu viêm màng não nói chung
-
Có tiền sử dịch tễ liên quan đến lợn ốm/sản phẩm sống của lợn hoặc nghề nghiệp liên quan đến lợn/sản phẩm sống của lợn.
-
Xác định được tác nhân gây bệnh bởi một trong hai phương pháp hoặc bằng nuôi cấy phân lập hoặc bằng việc phát hiện được gen đặc hiệu của vi khuẩn bởi kỹ thuật PCR (đơn mồi hay đa mồi)
Viêm màng não không do vi khuẩn liên cầu lợnliên cầu khuẩn lợn (S. suis):
Mẫu âm tính do không phải vi khuẩn liên cầu lợnliên cầu khuẩn lợn khi cấy bệnh phẩm không có S. suis và/hoặc không phát hiện được vật liệu di truyền của vi khuẩn bởi PCR.
Chú ý:
Tiêu chuẩn trên được sử dụng trong trường hợp phân tích, so sánh kết quả của phương pháp nuôi cấy và PCR đa mồi (phương pháp thử nghiệm).
Kết quả của PCR đa mồi cũng được so sánh với kết quả phát hiện của PCR đơn mồi (được tiến hành trên cùng 1 mẫu bệnh phẩm).
2.3.2. Các chỉ số tính toán độ tin cậy và giá trị của phương pháp [3, 4]
Các chỉ số gồm: độ nhậy (Se), độ đặc hiệu (Sp), tỷ lệ dương tính giả, tỷ lệ âm tính giả, giá trị tiên đoán dương tính (PPV), giá trị tiên đoán âm tính (NPV), tỷ số dự báo khả năng mắc bệnh khi xét nghiệm dương tính (LR+), tỷ số dự báo khả năng không mắc bệnh khi xét nghiệm âm tính (LR–).
Bảng 2.3. Bảng số liệu cơ bản để tính toán các chỉ số
|
Phương pháp đã công bố
|
Tổng
|
Dương tính
|
Âm tính
|
Phương pháp thử nghiệm
|
Dương tính
|
a
|
b
|
a+b
|
Âm tính
|
c
|
d
|
c+d
|
Tổng
|
a+c
|
b+d
|
a+b+c+d
|
Độ nhạy hay tỷ lệ dương tính thật = a/(a+c)
Độ đặc hiệu hay tỷ lệ âm tính thật = d/(b+d)
Tỷ lệ dương tính giả = b/(b+d)
Tỷ lệ âm tính giả = c/(a+c)
Tỷ số dương khả dĩ - Tỷ số dự báo khả năng bệnh khi xét nghiệm dương tính (LR+)
LR+ = Độ nhạy/ (1- độ đặc hiệu)
Tỷ số âm khả dĩ - Tỷ số dự báo không mắc bệnh khi xét nghiệm âm tính (LR̶)
LR- = (1- độ nhạy)/ độ đặc hiệu
Giá trị dự đoán dương tính (PPV) = a/ (a+b)
Giá trị dự đoán âm tính (NPV) = d/ (c+d)
Bảng 2.4. Mức độ LR+, LR - liên quan đến khả năng mắc bệnh và không mắc bệnh
Mức độ LR+
|
Khả năng mắc bệnh
|
.
|
Mức độ LR-
|
Khả năng không mắc bệnh
|
10
|
Cao
|
|
0.1
|
Cao
|
5-10
|
Trung bình
|
|
0.1-0.2
|
Trung bình
|
2-5
|
Thấp
|
|
0.2-0.5
|
Thấp
|
2
|
Rất thấp
|
|
0.5
|
Rất thấp
|
1
|
Vô dụng
|
|
1
|
Vô dụng
|
CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
3.1. XÂY DỰNG QUY TRÌNH PCR ĐA MỒI PHÁT HIỆN TRỰC TIẾP Streptococcus suis VÀ MỘT SỐ ĐỘC LỰC PHỔ BIẾN CỦA VI KHUẨN 3.1.1. Tạo bệnh phẩm mô phỏng Bảng 3.1. Kết quả khẳng định lại đặc tính của vi khuẩn dùng làm mẫu
TT
|
Phương pháp thử nghiệm
|
Kết quả thử nghiệm
|
1
|
Tính chất bắt màu Gram
|
Gram (+)
|
2
|
Phản ứng catalase
|
Âm tính
|
3
|
Xác định nhóm kháng nguyên theo Lancefield
|
Nhóm D
|
4
|
Xác định tính chất sinh học
|
Typ huyết thanh 2
|
Để khẳng định lại các đặc tính của chủng vi khuẩn được sử dụng để tạo mẫu bệnh phẩm mô phỏng, nhóm nghiên cứu đã tiến hành thử nghiệm các đặc tính của chủng vi khuẩn như trong bảng 3.1 bao gồm tính chất bắt màu Gram, phản ứng catalase, nhóm kháng nguyên và định týp huyết thanh. Kết quả cho thấy chủng vi khuẩn đáp ứng đúng các đặc tính của týp huyết thanh 2 của vi khuẩn Streptococcus suis.
Từ vi khuẩn S. Suis đã được khẳng định lại, nhóm nghiên cứu đã tạo được các huyền dịch vi khuẩn có nồng độ từ 107 vk/ µl đến 1vk/ µl và bộ bệnh phẩm DNA tinh khiết có nồng độ từ 107copy/ µl đến 1 copy/µl.
3.1.2. Lựa chọn các cặp mồi và tổ hợp mồi phù hợp:
M: thang chuẩn DNA cỡ 100bp; TH: Tổ hợp mồi
Ở tất cả các tổ hợp mồi, các băng DNA đều hiện rõ ở vị trí 498 bp (tương ứng với sản phẩm của cặp mồi Cps2J, đặc hiệu cho týp huyết thanh 2), và vị trí 248 bp (tương ứng với sản phẩm của cặp mồi đặc hiệu cho enzym ly giải tế bào sly. Như vậy hai cặp mồi Cps2J và Sly đều hoạt động rất tốt trong cả 8 tổ hợp. Đối với các tổ hợp mồi từ 1 đến 4, các vạch DNA là sản phẩm của mồi đặc hiệu cho S.suis 16S rDNA đều biểu hiện tốt.Tuy nhiên ở TH3 và TH4, cả 2 sản phẩm của cặp mồi Mrp có kích thước 188 bp đều không biểu hiện. Tất cả các tổ hợp từ 5 đến 8, sản phẩm của 2 cặp mồi Gdh và Cps2J biểu hiện không rõ ràng. Chỉ có TH1 và TH2, sản phẩm của tất cả các cặp mồi đều được biểu hiện, các vạch DNA phân tách rõ ràng, dễ quan sát.
Chia sẻ với bạn bè của bạn: |