TỔng cục thuế Số: 746/QĐ-tct cộng hoà XÃ HỘi chủ nghĩa việt nam độc lập Tự do Hạnh phúc

Về việc ban hành quy trình kiểm tra thuế

Kiểm tra thuế

1. Tăng cường công tác kiểm tra thuế theo quy định của Luật quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế trên cơ sở áp dụng cơ chế quản lý rủi ro nhằm phát hiện, ngăn chặn và xử lý kịp thời những vi phạm về thuế, chống thất thu thuế.

2. Nâng cao tính tự giác tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế trong việc thực hiện kê khai thuế, tính thuế và nộp thuế.

3. Thực hiện cải cách hành chính trong việc kiểm tra thuế, từ đó tránh gây phiền nhiễu và tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế phát triển sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ.

Quy trình này quy định về trình tự, thủ tục thực hiện công việc kiểm tra thuế trong các trường hợp sau:

- Kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế;

- Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong trường hợp người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo thông báo của cơ quan thuế; không khai bổ sung hồ sơ thuế hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng; hoặc cơ quan thuế không đủ căn cứ để ấn định số thuế phải nộp (còn gọi là kiểm tra từ hồ sơ khai thuế);

- Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với trường hợp qua phân tích, đánh giá việc chấp hành pháp luật thuế của người nộp thuế xác định có dấu hiệu vi phạm pháp luật (còn gọi là kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm);

- Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với các trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế sau và kiểm tra sau hoàn thuế theo quy định (còn gọi là kiểm tra hoàn thuế);

- Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề do thủ trưởng cơ quan quản lý thuế cấp trên quyết định (còn gọi là kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề);

- Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với người nộp thuế chia tách, sáp nhập, hợp nhất, giải thể, phá sản, cổ phần hoá, đóng mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền (còn gọi là kiểm tra khác).

III. ĐỐI TƯỢNG ÁP DỤNG

Quy trình này áp dụng cho Lãnh đạo cơ quan Thuế, bộ phận kiểm tra thuế, bộ phận quản lý thuế thu nhập cá nhân, người được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế thuộc cơ quan thuế các cấp đối với các trường hợp nêu tại Mục II Quy trình này.

Quy trình này không áp dụng đối với các trường hợp kiểm tra hoá đơn (kiểm tra hoá đơn được thực hiện theo Quyết định số 381/QĐ-TCT ngày 31/3/2011 của Tổng cục Thuế ban hành kèm theo Quy trình kiểm tra hoá đơn).

IV. GIẢI THÍCH TỪ NGỮ

Những từ ngữ sử dụng trong quy trình được hiểu như sau:

1. Bộ phận kiểm tra thuế là bộ phận được giao nhiệm vụ thực hiện công tác kiểm tra thuế; trực tiếp kiểm tra hồ sơ khai thuế; kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, bao gồm: Bộ phận thanh tra thuế; bộ phận kiểm tra thuế; bộ phận quản lý thuế thu nhập cá nhân các cấp của Cơ quan Thuế.

2. Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế: Vụ trưởng, Phó vụ trưởng, trưởng phòng, phó trưởng phòng tại Thanh tra Tổng cục Thuế; Vụ Quản lý thuế thu nhập cá nhân; Trưởng phòng, Phó trưởng phòng kiểm tra; Trưởng phòng, Phó trưởng phòng quản lý thuế thu nhập cá nhân thuộc Cục Thuế các tỉnh, thành phố; Đội trưởng, Phó đội trưởng Đội kiểm tra, Đội trưởng, Phó đội trưởng Đội quản lý thuế thu nhập cá nhân thuộc Chi cục Thuế các quận, huyện, thị xã, thành phố trực thuộc tỉnh.

3. Lãnh đạo cơ quan thuế: Tổng cục trưởng, các Phó Tổng cục trưởng; Cục trưởng; các Phó Cục trưởng; Chi cục trưởng; các Phó chi cục trưởng.

4. Cơ quan thuế: Tổng cục Thuế, Cục Thuế và Chi cục Thuế;

5. Người được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế là công chức thuộc biên chế cơ quan thuế các cấp được giao thực hiện nhiệm vụ kiểm tra thuế, kiểm tra hồ sơ khai thuế, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

1. Áp dụng các phần mềm tin học để hỗ trợ kiểm tra các loại hồ sơ khai thuế được giao mà người nộp thuế gửi đến cơ quan Thuế. Trong trường hợp ứng dụng công nghệ thông tin chưa đáp ứng công tác kiểm tra thuế thì cơ quan thuế bố trí công chức trực tiếp kiểm tra thuế theo quy định tại Điều 60 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính.

2. Chịu trách nhiệm về trình tự, thủ tục và kết quả kiểm tra đối với các trường hợp được giao.

3. Nắm bắt kịp thời và triển khai áp dụng các ứng dụng công nghệ thông tin của ngành vào công tác kiểm tra thuế.

4. Giữ bí mật thông tin về kết quả kiểm tra thuế trừ các trường hợp công khai thông tin vi phạm pháp luật về thuế của người nộp thuế theo quy định tại Điều 73, Điều 74 Luật Quản lý thuế và Điều 72 Luật xử lý vi phạm hành chính số 15/2012/QH13 ngày 20/6/2012.
Phần II

NỘI DUNG QUY TRÌNH
I. KIỂM TRA HỒ SƠ KHAI THUẾ TẠI TRỤ SỞ CƠ QUAN THUẾ

1. Cập nhật dữ liệu, thông tin vào các phần mềm, ứng dụng công nghệ thông tin cho công tác kiểm tra

- Bộ phận kiểm tra, công chức làm công tác kiểm tra và bộ phận có liên quan cập nhật kịp thời, đầy đủ các thông tin, dữ liệu của người nộp thuế vào ứng dụng hỗ trợ thanh tra, kiểm tra (TTR); ứng dụng lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế (TPR)... hệ thống dữ liệu của ngành.

- Bộ phận kiểm tra thuế và công chức kiểm tra thuế sử dụng dữ liệu kê khai thuế của người nộp thuế và những dữ liệu thông tin của người nộp thuế đã được cập nhật vào hệ thống dữ liệu của ngành để phục vụ cho việc kiểm tra các hồ sơ khai thuế người nộp thuế gửi đến cơ quan thuế.

- Thủ trưởng cơ quan phụ trách công tác kiểm tra có trách nhiệm thường xuyên nắm bắt và đôn đốc bộ phận kiểm tra, công chức làm công tác kiểm tra thực hiện nghiêm túc các công việc trên nhằm mục đích triển khai tốt công tác quản lý, kiểm tra thuế theo cơ chế quản lý rủi ro trong quản lý thuế.

2.1. Nguyên tắc kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế

- Các loại hồ sơ khai thuế theo tháng, quí và năm (gọi chung là hồ sơ khai thuế) người nộp thuế gửi đến cơ quan thuế đều được kiểm tra thường xuyên theo quy định tại Điều 77, Luật Quản lý thuế và kiểm tra theo cơ chế quản lý rủi ro quy định tại khoản 4, Điều 1, Luật bổ sung sửa đổi một số điều của Luật quản lý thuế.

- Hồ sơ khai thuế phải kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế bao gồm tất cả hồ sơ khai thuế của tổ chức gửi đến cơ quan thuế trừ: hồ sơ khai thuế của tổ chức kê khai thuế theo phương pháp trực tiếp; hồ sơ khai thuế nộp tiền thuế sử dụng đất khi được giao đất; thuế sử dụng đất nông nghiệp; thuế sử dụng đất phi nông nghiệp, tiền thuê đất; thuế môn bài; lệ phí trước bạ; phí và các loại lệ phí khác.

- Đối với các trường hợp đóng mã số thuế nhà thầu, mã số thuế chi nhánh nếu chưa phát sinh hoạt động sản xuất kinh doanh thì có thể thực hiện kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế ghi nhận biên bản và tiến hành các thủ tục đóng mã số thuế theo quy định.

- Đối với các loại hồ sơ khai thuế gửi đến cơ quan thuế đã có phần mềm tin học hỗ trợ kiểm tra thì áp dụng các phần mềm ứng dụng tin học của ngành thuế để kiểm tra tính đầy đủ, chính xác của các thông tin và kịp thời phát hiện rủi ro trong các hồ sơ khai thuế.

2.2. Trình tự kiểm tra hồ sơ khai thuế

2.2.1. Trình tự kiểm tra bằng phương pháp thủ công.

- Lựa chọn danh sách người nộp thuế để kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế tối thiểu là 20% số lượng doanh nghiệp hoạt động đang quản lý thuế như sau:

+ Từ 15% số lượng người nộp thuế trở lên lựa chọn bằng ứng dụng lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế theo rủi ro (TPR);

+ Từ 5 % số lượng người nộp thuế trở lên lựa chọn qua thực tiễn quản lý thuế tại địa phương có rủi ro cao, có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế, khai sai số thuế phải nộp.

Danh sách người nộp thuế được lựa chọn theo rủi ro nêu trên để kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế không trùng lắp với danh sách kế hoạch thanh tra và kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra. Danh sách này phải được trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế trước ngày 20 tháng 12 hàng năm và Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt trước ngày 30 tháng 12 hàng năm.

Danh sách người nộp thuế để kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế có thể bổ sung, điều chỉnh hàng quý hoặc 6 tháng tuỳ thuộc vào thực tiễn phát sinh và phát hiện các hành vi vi phạm về thuế tại địa phương. Việc bổ sung, điều chỉnh danh sách người nộp thuế do Thủ trưởng cơ quan thuế trực tiếp quản lý quyết định.

- Căn cứ vào danh sách số lượng người nộp thuế phải kiểm tra hồ sơ khai thuế, trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế giao nhiệm vụ cụ thể số lượng người nộp thuế phải kiểm tra hồ sơ thuế cho từng công chức kiểm tra thuế.

Chậm nhất là 25 ngày sau ngày kết thúc hạn nộp hồ sơ khai thuế, công chức kiểm tra thuế có trách nhiệm kiểm tra tất cả các loại hồ sơ khai thuế bao gồm: Hồ sơ khai thuế theo từng lần phát sinh; các loại hồ sơ khai thuế theo tháng; các loại hồ sơ khai thuế theo quý; các loại hồ sơ khai thuế theo năm của người nộp thuế được giao.

- Kiểm tra các căn cứ tính thuế để xác định số thuế phải nộp; số tiền thuế được miễn, giảm; số tiền hoàn thuế... theo phương pháp đối chiếu, so sánh như sau:

+ Đối chiếu với các quy định của các văn bản pháp luật về thuế.

+ Đối chiếu các chỉ tiêu trong tờ khai thuế với các tài liệu kèm theo (nếu có).

+ Đối chiếu các chỉ tiêu phản ánh trong tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuế (nếu có) với tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuế (nếu có) tháng trước, quý trước, năm trước.

+ Đối chiếu với các dữ liệu của người nộp thuế có quy mô kinh doanh tương đương, có cùng ngành nghề, mặt hàng đăng ký kinh doanh.

+ Đối chiếu với các thông tin, tài liệu thu thập được từ các nguồn khác (nếu có).

- Kết thúc kiểm tra mỗi hồ sơ khai thuế, công chức kiểm tra thuế phải nhận xét hồ sơ khai thuế theo mẫu số 01/QTKT kèm theo quy trình này:

+ Đối với các hồ sơ khai thuế khai đầy đủ chỉ tiêu; đảm bảo tính hợp lý, chính xác của các thông tin, tài liệu; chưa phát hiện dấu hiệu rủi ro thì bản nhận xét hồ sơ khai thuế được lưu lại cùng với hồ sơ khai thuế.

+ Đối với các hồ sơ khai thuế qua đối chiếu, so sánh, phân tích xét thấy có nội dung khai chưa đúng, số liệu khai không chính xác hoặc có những nội dung cần xác minh liên quan đến số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, số tiền thuế được hoàn... công chức kiểm tra thuế phải báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế ra thông báo bằng văn bản đề nghị người nộp thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu theo mẫu số 01/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính.

2.2.2. Trình tự kiểm tra bằng phần mềm ứng dụng.

- Kiểm tra các căn cứ tính thuế liên quan đến việc xác định số thuế phải nộp; số tiền thuế được miễn, giảm; số tiền hoàn thuế.

+ Chậm nhất là 25 ngày sau ngày kết thúc hạn nộp hồ sơ khai thuế, công chức kiểm tra sử dụng phần mềm ứng dụng kiểm tra hồ sơ khai thuế để kiểm tra gán điểm cho từng tiêu chí; theo đó ứng dụng sắp xếp người nộp thuế (hồ sơ khai thuế) theo từng tiêu chí rủi ro và đưa ra nhận xét, cảnh báo đối với từng tiêu chí; đồng thời ứng dụng sắp xếp người nộp thuế theo mức độ rủi ro tổng thể của toàn bộ tiêu chí theo thứ tự từ rủi ro cao đến rủi ro thấp giúp cho việc phân loại người nộp thuế (hồ sơ khai thuế) theo mức độ rủi ro về thuế. Riêng đối với thuế thu nhập cá nhân thì áp dụng phần mềm quản lý thuế TNCN để phát hiện rủi ro trong hồ sơ khai thuế TNCN, cá nhân có thu nhập từ 2 nơi trở lên chưa được khấu trừ thuế, không tự quyết toán thuế theo quy định.

+ Công chức kiểm tra in danh sách người nộp thuế sắp xếp theo mức độ rủi ro và in nhận xét, cảnh báo rủi ro đối với từng người nộp thuế trên hệ thống.

- Bản nhận xét (cảnh báo rủi ro) của từng người nộp thuế được in ra từ hệ thống, công chức kiểm tra tiếp tục xem xét, đối chiếu hồ sơ khai thuế để bổ sung nhận xét (nếu có) vào mẫu số 01/QTKT kèm theo quy trình này:

+ Đối với người nộp thuế (hồ sơ khai thuế) chưa phát hiện rủi ro, chưa có dấu hiệu vi phạm thì công chức kiểm tra in danh sách người nộp thuế chưa có rủi ro từ hệ thống và trình trưởng bộ phận kiểm tra ký duyệt để lưu hồ sơ kiểm tra.

+ Đối với người nộp thuế (hồ sơ khai thuế) có rủi ro thấp thì công chức kiểm tra in nhận xét hồ sơ khai thuế để trình trưởng bộ phận kiểm tra ký lưu hồ sơ mà không phải ban hành thông báo, trừ trường hợp có chỉ đạo của trưởng bộ phận kiểm tra, thủ trưởng cơ quan thuế hoặc có những dấu hiệu nghi vấn cần phải làm rõ.

+ Đối với người nộp thuế (hồ sơ khai thuế) có rủi ro cao và rủi ro vừa: bản nhận xét hồ sơ khai thuế có cảnh báo rủi ro về thuế thì công chức kiểm tra thuế in thông báo người nộp thuế theo thứ tự rủi ro cao đến rủi ro vừa để báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình thủ trưởng cơ quan Thuế ký thông báo đề nghị người nộp thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu theo mẫu số 01/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính.

2.3. Xử lý kết quả kiểm tra hồ sơ khai thuế.

a) Xử lý sau khi ban hành thông báo

a.1) Thời hạn người nộp thuế phải giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu được ghi trong thông báo không quá 10 ngày làm việc kể từ ngày người nộp thuế nhận thông báo của cơ quan Thuế hoặc hồi báo (nếu gửi qua đường bưu điện).

a.2) Người nộp thuế có thể gửi văn bản giải trình hoặc trực tiếp đến làm việc tại trụ sở cơ quan thuế. Trường hợp người nộp thuế trực tiếp đến cơ quan Thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu theo thông báo của cơ quan Thuế, công chức kiểm tra thuế phải lập biên bản làm việc theo mẫu số 02/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính.

a.3) Sau khi người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu đầy đủ theo yêu cầu của cơ quan thuế và chứng minh số thuế đã khai là đúng thì công chức kiểm tra báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt để lưu hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu cùng với hồ sơ kiểm tra.

a.4) Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu mà không đủ căn cứ chứng minh số thuế đã khai là đúng thì công chức kiểm tra báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan thuế phát hành thông báo yêu cầu người nộp thuế khai bổ sung (theo mẫu số 02/QTKT ban hành kèm theo quy trình này). Thời hạn khai bổ sung là mười ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế có thông báo yêu cầu khai bổ sung.

a.5) Hết thời hạn theo thông báo của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; hoặc không khai bổ sung hồ sơ thuế; hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế:

- Quyết định ấn định số thuế phải nộp theo mẫu Quyết định số 01/AĐTH ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính; hoặc

- Quyết định kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế trong trường hợp không đủ căn cứ để ấn định số thuế phải nộp. Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế theo mẫu số 03/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính.

b) Thủ tục hành chính khi công chức kiểm tra thuế báo cáo trưởng bộ phận kiểm tra trình Thủ trưởng cơ quan Thuế ra thông báo giải trình (bổ sung thông tin tài liệu) hoặc Quyết định ấn định thuế như sau

b.1) Thủ tục trình Thủ trưởng cơ quan thuế để thực hiện ra thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, thông báo khai bổ sung:

- Thông báo (Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu), phải có tờ trình và kèm theo các tài liệu:

+ Dự thảo thông báo;

+ Bản nhận xét kết quả kiểm tra;

+ Hồ sơ khai thuế.

- Thông báo khai bổ sung phải có tờ trình và kèm theo các tài liệu:

+ Dự thảo thông báo khai bổ sung;

+ Bản giải trình hoặc các thông tin tài liệu của người nộp thuế bổ sung theo thông báo lần thứ nhất hoặc biên bản làm việc (đối với trường hợp người nộp thuế trực tiếp đến cơ quan Thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu).

+ Toàn bộ hồ sơ trình theo thông báo giải trình, bổ sung thông tin tài liệu.

b.2) Hồ sơ trình Quyết định ấn định số thuế phải nộp gồm:

- Tờ trình nêu rõ các căn cứ để ấn định số thuế phải nộp.

- Dự thảo thông báo ấn định số thuế phải nộp.

- Các tài liệu kèm theo thông báo giải trình, bổ sung hồ sơ và thông báo yêu cầu khai bổ sung thuế.

II. KIỂM TRA TẠI TRỤ SỞ CỦA NGƯỜI NỘP THUẾ

1. Nguyên tắc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

1.1. Hằng năm cơ quan thuế cấp trên giao nhiệm vụ kiểm tra thuế cho cơ quan thuế cấp dưới với số lượng người nộp thuế dựa trên tiêu chí tỷ lệ số người nộp thuế hoạt động đang quản lý thuế cho 5 (năm) trường hợp: kiểm tra từ hồ sơ khai thuế; kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm; kiểm tra hoàn thuế; kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề; và kiểm tra khác.

1.2. Đối với trường hợp kiểm tra theo kế hoạch và kiểm tra theo chuyên đề, kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không quá 1 lần trong một năm.

1.3. Đối với trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế sau và kiểm tra sau hoàn thuế, trường hợp kiểm tra theo kế hoạch và kiểm tra theo chuyên đề, trước khi kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế cơ quan thuế có thể yêu cầu người nộp thuế giải trình, cung cấp thông tin tài liệu như trường hợp kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế (nếu cần thiết).

1.4. Đối với trường hợp kiểm tra người nộp thuế chia tách, sáp nhập, hợp nhất, giải thể, phá sản, cổ phần hoá, đóng mã số thuế (kể cả đóng mã số thuế nhà thầu), chuyển địa điểm kinh doanh và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền được áp dụng linh hoạt các hình thức kiểm tra từ hồ sơ khai thuế, hoặc kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm, hoặc kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề quy định tại các văn bản hướng dẫn thi hành.

1.5. Đối với các loại hồ sơ khai thuế: Thuế nhà thầu nước ngoài; tổ chức kê khai theo phương pháp trực tiếp; nộp tiền thuế sử dụng đất khi được giao đất; thuế sử dụng đất nông nghiệp; thuế sử dụng đất phi nông nghiệp, tiền thuê đất; thuế môn bài; lệ phí trước bạ; phí và các loại lệ phí khác việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện trên cơ sở rủi ro về thuế.

1.6. Nội dung kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế cho từng trường hợp cụ thể như sau:

 - Trường hợp kiểm tra từ hồ sơ khai thuế là các khoản mục người nộp thuế không giải trình hoặc không khai bổ sung sau thời hạn thông báo của cơ quan thuế;

- Trường hợp kiểm tra hoàn thuế là số thuế đề nghị hoàn hoặc số thuế đã được hoàn theo quyết định của cơ quan thuế;

- Trường hợp kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm là các nội dung, khoản mục có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế;

- Trường hợp kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề là nội dung có dấu hiệu rủi ro qua phân tích chuyên sâu hồ sơ khai thuế (tối thiểu là một năm) của người nộp thuế;

- Đối với trường hợp kiểm tra người nộp thuế chia tách, sáp nhập, hợp nhất, giải thể, phá sản, cổ phần hoá, đóng mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh và các trường hợp kiểm tra đột xuất, kiểm tra theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền là nội dung kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế.

1.7. Xử lý chồng chéo trong hoạt động kiểm tra

- Kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra hàng năm của cơ quan thuế cấp dưới nếu có sự chồng chéo với kế hoạch kiểm tra, thanh tra của cơ quan cấp trên thì thực hiện theo kế hoạch của cơ quan cấp trên.

- Trường hợp hoạt động kiểm tra tại địa phương có sự trùng lặp về đối tượng kiểm tra với kế hoạch thanh tra, kiểm tra về thuế của Thanh tra tỉnh, Sở Tài chính, cơ quan thanh tra địa phương thì Cục trưởng Cục Thuế phối hợp với Chánh Thanh tra tỉnh, Giám đốc Sở Tài chính để xử lý; báo cáo Tổng cục Trưởng xem xét quyết định khi cần thiết.

2. Lập kế hoạch kiểm tra và chuyên đề kiểm tra

2.1. Nguyên tắc lập kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra

- Áp dụng phần mềm ứng dụng rủi ro để lập kế hoạch kiểm tra và chuyên đề kiểm tra;

- Các bước lập kế hoạch kiểm tra và chuyên đề kiểm tra được thực hiện như hướng dẫn tại quy trình thanh tra thuế;

- Số lượng người nộp thuế đưa vào kế hoạch, chuyên đề hàng năm phải đạt tối thiểu 60% số người nộp thuế được giao nhiệm vụ kiểm tra hàng năm (nhiệm vụ kiểm tra hàng năm đã nêu tại Khoản 1.1, Điểm 1, Mục II, Phần B quy trình này).

- Việc lập kế hoạch kiểm tra và chuyên đề kiểm tra phải giao cho một bộ phận (Phòng hoặc Đội) chịu trách nhiệm làm đầu mối để tổng hợp, báo cáo và trình Thủ trưởng cơ quan Thuế phê duyệt kế hoạch kiểm tra và chuyên đề kiểm tra.

2.2. Lập kế hoạch kiểm tra

a) Xây dựng kế hoạch kiểm tra

- Căn cứ yêu cầu nhiệm vụ công tác của ngành thuế, Tổng cục Thuế ban hành văn bản hướng dẫn xây dựng kế hoạch kiểm tra trước ngày 15 tháng 10 hàng năm; Cục Thuế ban hành văn bản hướng dẫn xây dựng kế hoạch kiểm tra trước ngày 01 tháng 11 hàng năm.

- Việc lập kế hoạch kiểm tra phải theo nguyên tắc phân tích đánh giá rủi ro trên cơ sở ứng dụng phần mềm quản lý rủi ro được Tổng cục Thuế ban hành thực hiện thống nhất; đồng thời căn cứ thực tiễn quản lý thuế tại địa phương lựa chọn người nộp thuế có rủi ro để đưa vào kế hoạch kiểm tra thuế.

- Kế hoạch kiểm tra hàng năm phải cân đối trên cơ sở nguồn nhân lực của hoạt động kiểm tra; số lượng thực tế người nộp thuế và tình hình thực tế trên địa bàn quản lý, để xác định danh sách các đối tượng cần kiểm tra.

- Người nộp thuế đưa vào kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra được lựa chọn như sau:

+ Lựa chọn trên phần mềm ứng dụng TPR: Đạt từ 80% - 85% số lượng người nộp thuế thuộc danh sách người nộp thuế sắp xếp theo mức độ rủi ro trên ứng dụng TPR (sau khi đã lựa chọn đưa vào kế hoạch thanh tra thuế); việc lựa chọn người nộp thuế đưa vào kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra phải thực hiện rà soát, chọn lọc và loại trừ những người nộp thuế có rủi ro thấp, đồng thời bổ sung người nộp thuế có rủi ro cao phù hợp với tiêu chí rủi ro về thuế tại địa phương.

+ Lựa chọn người nộp thuế từ thực tiễn quản lý thuế tại địa phương: Đạt 15% - 20% số lượng người nộp thuế có rủi ro cao, có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế, khai sai số thuế phải nộp qua thực tiễn quản lý thuế tại địa phương.

- Kế hoạch kiểm tra bao gồm các nội dung chủ yếu sau đây: danh sách tên, mã số thuế, địa chỉ của các đối tượng kiểm tra; nội dung kiểm tra; chuyên đề kiểm tra, thời gian dự kiến kiểm tra (Mẫu số 03/QTKT ban hành kèm theo quy trình này).

b) Phê duyệt, điều chỉnh kế hoạch kiểm tra hàng năm

- Cục thuế lập danh sách người nộp thuế thuộc kế hoạch kiểm tra của mình gửi đến Tổng cục Thuế chậm nhất vào ngày 25 tháng 11 hàng năm.

- Tổng cục trưởng phê duyệt kế hoạch kiểm tra của Cục thuế trước ngày 15 tháng 12 hàng năm.

- Chi cục Thuế lập danh sách người nộp thuế thuộc kế hoạch kiểm tra gửi đến Cục Thuế trước ngày 05 tháng 12 hàng năm.

- Cục trưởng Cục Thuế phê duyệt Kế hoạch kiểm tra của Chi cục Thuế trước ngày 20 tháng 12 hàng năm.

- Kế hoạch kiểm tra đã được phê duyệt khi cần điều chỉnh phải được Thủ trưởng cơ quan có thẩm quyền phê duyệt kế hoạch kiểm tra quyết định việc điều chỉnh. Kế hoạch được điều chỉnh nếu thuộc các trường hợp sau: Theo chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Tài chính, hoặc Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên, hoặc đề xuất của cơ quan được giao nhiệm vụ kế hoạch kiểm tra.

- Trường hợp đến cuối năm tài chính các cơ quan quản lý thuế chưa thực hiện kiểm tra hết các đối tượng kiểm tra trong kế hoạch kiểm tra đã được phê duyệt thì các đối tượng kiểm tra còn lại chưa kiểm tra hết phải ưu tiên chuyển sang kế hoạch kiểm tra năm sau liền kề.

2.3. Lựa chọn kiểm tra theo chuyên đề

a) Các trường hợp kiểm tra theo chuyên đề gồm:

- Trường hợp kiểm tra theo chuyên đề do cơ quan quản lý thuế cấp trên chủ trì giao cho cơ quan quản lý thuế cấp dưới thực hiện hoặc phối hợp thực hiện.

- Trường hợp kiểm tra theo chuyên đề riêng được cơ quan quản lý thuế cấp dưới chủ động xây dựng trình cơ quan quản lý thuế cấp trên phê duyệt.

b) Xây dựng kế hoạch kiểm tra chuyên đề hàng năm

- Việc xây dựng kế hoạch kiểm tra chuyên đề hàng năm tiến hành đồng thời với xây dựng kế hoạch kiểm tra hàng năm quy định tại điểm 1, mục II nêu trên.

- Báo cáo xây dựng mỗi chuyên đề kiểm tra gồm các nội dung: Mục tiêu, nội dung cụ thể của chuyên đề; thời gian dự kiến thực hiện chuyên đề; danh sách tên mã số thuế, địa chỉ của người nộp thuế thuộc chuyên đề (Mẫu số 03/QTKT ban hành kèm theo quy trình này).

- Số lượng người nộp thuế kiểm tra theo các chuyên đề được tổng hợp chung vào số lượng người nộp thuế trong kế hoạch kiểm tra hàng năm của mỗi cơ quan quản lý thuế.

- Thẩm quyền, thời gian phê duyệt chuyên đề kiểm tra hàng năm thực hiện theo các quy định đối với kế hoạch kiểm tra quy định tại điểm 1, mục II nêu trên.

- Việc điều chỉnh chuyên đề kiểm tra đã được phê duyệt trong các trường hợp:

+ Điều chỉnh danh sách các người nộp thuế thuộc chuyên đề; dừng thực hiện chuyên đề.

+ Trong quá trình thực hiện công tác quản lý thuế, cơ quan thuế căn cứ vào yêu cầu tình hình thực tế, đặc thù riêng của địa bàn quản lý và nguồn nhân lực của hoạt động kiểm tra, xét thấy cần thiết xây dựng bổ sung chuyên đề kiểm tra mới.

Các trường hợp này được thực hiện điều chỉnh không quá một lần trong năm, thời gian đề nghị điều chỉnh chậm nhất trước ngày 30/9 hàng năm và phải được Thủ trưởng cơ quan có thẩm quyền phê duyệt quyết định việc điều chỉnh.

2.4. Hồ sơ trình phê duyệt và điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề

- Thuyết minh nêu rõ căn cứ lập kế hoạch (điều chỉnh kế hoạch), căn cứ lựa chọn chuyên đề (điều chỉnh chuyên đề); mục tiêu và kết quả mang lại; nội dung kế hoạch và nội dung chuyên đề.

- Danh sách người nộp thuế kiểm tra theo kế hoạch, theo chuyên đề (kèm theo Mẫu số 03/QTKT).