Microsoft Word tcsh14-027-Nguyen Duc Thanh Dzung edited doc
tải về 0.52 Mb. Chế độ xem pdf
|
| Các kỹ thuật chỉ thị DNA
265 CÁC KỸ THUẬT CHỈ THỊ DNA TRONG NGHIÊN CỨU VÀ CHỌN LỌC THỰC VẬT
Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm KH & CN Việt Nam, nguyenducthanh_pcg@ibt.ac.vn
nhanh chóng trở thành lĩnh vực quan trọng trong sinh học phân tử. Các chỉ thị DNA được sử dụng rộng rãi trong nghiên cứu và chọn lọc. Các kỹ thuật chỉ thị DNA được xây dựng để phát triển các chỉ thị DNA cho nghiên cứu đa dạng di truyền, phát sinh loài, phân loại, đánh dấu và xác định gen; cho chọn lọc nguồn gen và chọn giống nhờ chỉ thị phân tử. Sự phát triển của hàng loạt các chỉ thị DNA khác nhau cùng với các nguyên lý, phương pháp và ứng dụng của chúng dẫn đến việc cần thiết xem xét một cách cẩn thận trong việc lựa chọn kỹ thuật phù hợp cho mục đích nghiên cứu. Không có chỉ thị DNA nào hiện biết có thể đáp ứng đầy đủ tất cả các yêu cầu của nhà nghiên cứu. Phụ thuộc vào vấn đề nghiên cứu, có thể chọn trong các kỹ thuật chỉ thị DNA khác nhau mà mỗi kỹ thuật có thể có một số đặc tính cần thiết. Ở Việt Nam, một số kỹ thuật chỉ DNA được bắt đầu sử dụng từ cuối những năm 90 của thế kỷ XX. Tuy nhiên, việc sử dụng còn hạn chế vì mới chủ yếu sử dụng các kỹ thuật như đa hình DNA nhân bản ngẫu nhiên, kỹ thuật các chuỗi lặp lại đơn giản hay tiểu vệ tinh, kỹ thuật đa hình độ dài các đoạn nhân bản chọn lọc trong các nghiên cứu: đa dạng di truyền, lập bản đồ liên kết phân tử và chọn giống nhờ chỉ thị phân tử ở thực vật. Bài tổng quan này sẽ giới thiệu tổng quát về hầu hết các kỹ thuật chỉ thị DNA hiện có và ứng dụng của chúng trong nghiên cứu và chọn lọc ở thực vật nhằm cung cấp thông tin cần thiết và cập nhật cho các nhà nghiên cứu phân loại, bảo tồn và chọn giống trong việc lựa chọn kỹ thuật chỉ thị DNA phù hợp.
DNA, xác định gen.
Kể từ khi chỉ thị DNA đầu tiên được phát triển và ứng dụng cho đến cuối những năm 90 của thế kỷ XX, hàng loạt chỉ thị DNA hay còn gọi là chỉ thị phân tử được ra đời đó là các chỉ thị: chỉ thị đa hình độ dài các đoạn cắt hạn chế (RFLP-restriction fragment length polymorphism [20], chuỗi lặp ngắn liền kề (STR-short tandem repeats [64], số lượng thay đổi các chuỗi lặp lại liền kề (VNTR-variable number tandem repeat [127], chỉ thị nhân bản allen
đặc biệt
(AS-PCR-allele specific polymerase chain reaction [97], các oligo allen đặc biệt (ASO-allele specific oligo [15], đa hình cấu tạo sợi đơn (SSCP-single stranded conformation polymorphism [136], vị trí chuỗi đánh dấu (STS-sequence tagged site [134], đa hình DNA nhân bản ngẫu nhiên (RAPD-random amplified polymorphic DNA [197], chỉ thị tạo ra do phản ứng PCR với các mồi tùy tiện (AP- PCR-arbitrarily primed PCR [195], vị trí trình tự tiểu vệ tinh được đánh dấu (STMS-sequence tagged microsatellite site [16], dấu DNA nhân bản (DAF-DNA amplification fingerprinting [28], chỉ thị trình tự biểu hiện (EST-expressed sequence tags [2], đa hình độ dài các chuỗi đơn giản (SSLP-simple sequence length
polymorphism [38], chuỗi đa hình nhân bản được cắt hạn chế (CAPS-cleaved amplified polymorphic sequence [6], chỉ thị tạo ra do phản ứng PCR với mồi thoái hóa-mồi có vị trí mà ở đó có thể thay thế các oligo khác nhau (DOP- PCR-degenerate oligonucleotide primed PCR [170], chỉ thị nhân bản sợi thay thế (SDA-strand displacement amplification [190], chuỗi lặp lại đơn giản (SSR-simple sequence repeat [5], vùng nhân bản chuỗi DNA được mô tả (SCAR- sequence characterized amplified regions [137], đa hình nucleotide đơn (SNP-single nucleotide polymorphism [78], chỉ thị phản ứng nhân bản bằng mồi đơn (single primer amplification reactions [60], đa hình các locus tiểu vệ tinh nhân
bản chọn
lọc (SAMPL-selective amplification of microsatellite polymorphic loci [122], tiểu vệ tinh neo nhân bản (AMP-PCR- anchored microsatellite primed PCR [212], đa TAP CHI SINH HOC 2014, 36(3): 265-294
DOI: 10.15625/0866-7160/v36n3.5974 Nguyen Duc Thanh 266
hình tiểu vệ tinh nhân bản ngẫu nhiên (RAMP- random amplified microsatellite polymorphism [201], chuỗi lặp lại đơn giản giữa (ISSR-inter- simple sequence repeat [212]), các mồi liên quan đến allen đặc biệt (ASAP-allele specific associated primers [57], đa hình độ dài đoạn nhân chọn lọc (AFLP-amplified fragment length polymorphism [200], chỉ thị PCR lồng vị trí chọn lọc (SSI-site-selected insertion PCR [92], tiểu vệ tinh nhân bản ngẫu nhiên (RAM-random amplified microsatellites [66], đa hình nhân bản chuỗi đặc biệt (S-SAP-sequence specific amplification polymorphism [193], các trình tự lặp lại đơn giảm neo (ASSR-anchored simple sequence repeats [191] và chỉ thị PCR đảo (IPCR-inverse PCR [187]. Các kỹ thuật chỉ thị DNA tương ứng được xây dựng để phát triển chỉ thị DNA cho nghiên cứu đa dạng di truyền, phát sinh loài, phân loại, đánh dấu và xác định gen; cho chon lọc nguồn gen và chọn giống nhờ chỉ thị phân tử. Không có chỉ thị DNA nào hiện có có thể đáp ứng đầy đủ tất cả các yêu cầu của nhà nghiên cứu. Phụ thuộc vào vấn đề nghiên cứu, ta có thể chọn trong các kỹ thuật chỉ thị DNA khác nhau mà mỗi kỹ thuật có thể có một số đặc tính cần thiết. Ở Việt Nam, một số kỹ thuật chỉ DNA được bắt đầu sử dụng từ cuối những năm 90 của thế kỷ XX. Tuy nhiên, việc sử dụng còn hạn chế vì mới chủ yếu sử dụng các kỹ thuật như đa hình DNA nhân bản ngẫu nhiên, kỹ thuật các chuỗi lặp lại đơn giản hay tiểu vệ tinh, kỹ thuật đa hình độ dài các đoạn nhân bản chọn lọc trong các nghiên cứu: đa dạng di truyền và đánh giá nguồn gen [22, 37, 171, 172], lập bản đồ liên kết phân tử [98, 173] và chọn giống nhờ chỉ thị phân tử ở thực vật [99, 104]. Bài tổng quan này sẽ giới thiệu tổng quát về hầu hết các kỹ thuật chỉ thị DNA hiện có và ứng dụng của chúng trong nghiên cứu và chọn lọc ở thực vật nhằm cung cấp thông tin cần thiết và cập nhật cho các nhà nghiên cứu và chọn giống trong việc lựa chọn kỹ thuật chỉ thị DNA phù hợp cho nghiên cứu và chọn lọc ở thực vật. tải về 0.52 Mb. Chia sẻ với bạn bè của bạn:
|