Lê Thị Phương XÂy dựng cơ SỞ DỮ liệu sinh học phân tử trong nhận dạng các loàI ĐỘng vật hoang dã phục vụ thực thi pháp luật và nghiên cứU


CHƯƠNG 2 - ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU



tải về 1.03 Mb.
trang6/13
Chuyển đổi dữ liệu07.07.2016
Kích1.03 Mb.
1   2   3   4   5   6   7   8   9   ...   13

CHƯƠNG 2 - ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1.Đối tượng nghiên cứu


Các loài động vật được nghiên cứu trong đề tài nằm trong nghị định 32/2006/ND-CP về quản lý động vật rừng, thực vật rừng nguy cấp, quí hiếm tại Việt Nam, gồm 62 loài động vật nghiêm cấm khai thác sử dụng và 89 loài hạn chế khai thác sử dụng. (xem phần Phụ lục)

Xác định được trình tự gen từ Ngân hàng gen (gen bank) của : 112 loài, 106 loài có trình tự gen Cyt b và 42 loài có trình tự gen COI.

- 222 trình tự gen Cytb

- 83 trình tự gen COI


2.2.Phương pháp nghiên cứu

2.2.1.Sử dụng các phần mềm ứng dụng trong sinh học


*Sử dụng phần mềm Mega để ước tính sự sai khác dựa vào khoảng cách các trình tự ADN của các loài

Tất cả các trình tự sau khi tải từ ngân hàng gen (Genbank) về sẽ được sắp xếp ở dạng matrix bằng cách sử dụng phần mềm Paup 4.0 beta 10 win. Trước khi được sắp xếp thành dạng ma trận chúng sẽ được sắp xếp đúng thứ tự trong phần mềm Bioedit để có độ dài đoạn gen bằng nhau. Sau khi đưa dữ liệu trình tự vào phần mềm Mega5.05 các trình tự sẽ được cắt tỉa ở vị trí có chiều dài 650 nucleotit. Thành phần trình tự và mô hình thay thế cho toàn bộ bộ dữ liệu, số lượng của nucleotit và các vị trí amino axit có thể thay đổi và sự sai lệch của cặp trình tự 2 thông số Kimura (K2P) trong phạm vi nhóm ở nhiều mức độ phân loại (trong cùng loài, giữa các loài cùng chi và giữa các loài ở các chi khác nhau trong cùng một họ) đã được tính toán trong Mega5.05. Mô hình thay thế K2P chứ không phải là một mô hình thực tế hơn đã được sử dụng để tính toán khoảng cách mà cho phép lặp lại các phân tích qua BOLD (Barcode of life data system) và sự so sánh với các nghiên cứu mã vạch dựa vào khoảng cách kinh điển. Sự phân bố của cặp K2P ở từng mức độ phân loại được hình dung bằng cách sử dụng đồ thị mật độ R. Sự tương quan sản phẩm- thời điểm Peason và sự tương quan hạng Spearman giữa kích thước mẫu và khoảng cách trung bình trong loài cũng được tính toán trong R để xác định liệu số lượng mẫu sẵn có có tác động đến khoảng cách trong chủng loại hay không. Các loài được sắp xếp vào một trong bốn loại sau dựa vào khoảng cách cặp K2P: loại I (khoảng cách trong loài lớn nhất <2%, khoảng cách giữa các loài bé nhất <2%); loại II (khoảng cách trong loài lớn nhất = 2%, khoảng cách giữa các chủng loại bé nhất <2%); loại III (khoảng cách trong loài lớn nhất <2% và khoảng cách giữa các loài bé nhất £2%); loại IV (khoảng cách trong loài lớn nhất = 2% và khoảng cách giữa các loài bé nhất £2%). Ở những loài mà chỉ có một cá thể được lấy mẫu thì các loại I, II, III và IV được bỏ qua vì chỉ có khoảng cách giữa các loài khác nhau được ước lượng. [16]



*Sử dụng phần mềm Mega để ước tính sự sai khác dựa vào đặc điểm các trình tự ADN của các loài

Những đặc điểm nhận dạng độc đáo duy nhất, được phân biệt ở đây như trạng thái nucleotit đơn mà phân biệt một loài với một loài khác trong họ của nó, được xác định cho mỗi họ bằng cách sử dụng Hệ thống tổ chức thuộc tính đặc trưng (CAOS - Characteristic Attribute Organization System- Sarkar et al. 2002, 2008; Bergmann et al. 2009). Khi tất cả các thành viên của loài chia sẻ các đặc điểm này, chúng được gọi là “các đặc tính độc đáo đơn giản’’. Một cây hướng dẫn lần đầu tiên được tạo ra bằng cách sử dụng module tiết kiệm tối đa của Phylip (v3.67; Felsenstein 1989) và được sửa đổi thành mẫu nhóm cá thể theo các chỉ định loài hiện hành. Cây hướng dẫn này sau đó được chuyển vào một file Nexus cái mà chứa các trình tự ADN COI hay Cyt b và kịch bản p-genome được sử dụng để nhận dạng các đặc điểm. Tỷ lệ của tất cả các loài trong mà thể hiện các đặc tính trong phạm vi họ cũng như là tỷ lệ trong mỗi họ đã được tính toán. Cuối cùng số loài thể hiện các đặc tính trong phạm vi họ cho mỗi loại mà được nhận dạng dựa vào khoảng cách cũng đã được tính toán.[16]



* Phương pháp xây dựng cây phát sinh loài

Hai cây phát sinh loài theo phương pháp p- distance được xây dựng cho tất cả các trình tự gen Cyt b và COI trong Mega5 để có thể hình dung được nguồn gốc phát sinh của các loài cũng như kiểm tra được liệu có loài nào bị xác định nhầm kiểu gen hay không.


2.2.2.Phương pháp đánh giá mức độ hiệu quả trong nhận dạng loài dựa vào khoảng cách


Bằng cách thống kê các số liệu và tính toán tỷ lệ % thông thường để đưa ra những kết quả cần thiết và đánh giá kết quả đó thông qua sự so sánh.


CHƯƠNG 3 - KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN



3.1.Khoảng cách di truyền gen Cyt b


Dựa trên kết quả tính khoảng cách di truyền bằng phần mềm MEGA, kết quả phân tích của một số họ được trình bày dưới đây:

1.Họ Canidae (họ Chó)

Khoảng cách trong loài từ 0 – 1%.

Khoảng cách ngoài loài từ 9 – 16%.

2. Họ Pteropodidae (họ Dơi quạ)

Khoảng cách trong loài từ 0.7- 1.3 %.

4. Họ Psittacidae (họ Vẹt)

Khoảng cách trong loài là 1 %.

Khoảng cách ngoài loài là 7 %.

3. Họ Sciuridae (họ Sóc)

Khoảng cách trong loài từ 0- 5 %

Khoảng cách ngoài loài từ 11- 20 %.

5. Họ Elapidae (họ Rắn hổ)

Khoảng cách trong loài từ 0- 5 %.

Khoảng cách ngoài loài : 3 % giữa Bungarus candidusBungarus multicinctus; 15- 22 % giữa Bungarus candidus , Bungarus fasciatus, Naja najaBungarus flaviceps với nhau; 70- 73 % giữa Ophiophagus hannah với các loài còn lại.

6. Họ Geoemydidae (họ Rùa đầm)



Khoảng cách trong loài là 27 % với Heosemys grandis và 1- 5 % với Mauremys annamensis.

Khoảng cách ngoài loài 9- 35 %.

7. Họ Testudinidae (họ Rùa cạn)



Khoảng cách trong loài là 0 % với Rùa núi viền- Manouria impressa và 29 % với Rùa núi vàng- Indotestudo elongata.

Khoảng cách ngoài loài 15- 36 %.

8. Họ Crocodylidae (họ Cá sấu)



Khoảng cách trong loài 0 %.



Khoảng cách ngoài loài 2 %.

Bảng 5: Khoảng cách di truyền trung bình gen Cyt b


STT

Họ

K/c di truyền trung bình gen Cytb

1

Mustelidae (họ Chồn)

35.3%

2

Felidae (họ Mèo)

26.8%

3

Cervidae (họ Hươu nai)

5.6%

4

Moschidae (họ Hươu xạ)

43.3%

5

Phasianidae (họ Trĩ)

26.3%

6

Pteropodidae (họ Dơi quạ)

0.8%

7

Sciuridae (họ Sóc)

14.6%

8

Accitripidae (họ Ưng)

0.00%

9

Psitacidae ( họ Vẹt)

5.1%

10

Tytonidae (họ Cú lợn)

10.8%

11

Sturnidae (họ Sáo)

0.00%

12

Varanidae (họ Kỳ đà)

0.00%

13

Colubridae (họ Rắn nước)

0.3%

14

Elapidae (họ Rắn hổ)

29.6%

15

Geoemydidae (họ Rùa đầm)

17%

16

Testudinidae (họ Rùa cạn)

21.5%

17

Crocodylidae (họ Cá sấu)

1.4%

18

Cadinae (họ Chó)

10.6%

19

Chelydridae

0.00%

20

Papilionidae (họ Bướm phương)

0.00%

21

Hylopatidae (họ Vượn)

15.2%

22

Cynocephalidae (họ Chồn)

5.9%

23

Lorisidae (họ Cu li)

4.5%

24

Cercopithecidae (họ Khỉ)

35.1%

25

Ursidae (họ Gấu)

28.5%

26

Elephantidae (họ Voi)

2.1%

27

Bovidae (họ Bò)

19.2%

28

Viveridae (họ Cầy)

12.5%

29

Tragulidae (họ Cheo Cheo)

7.1%

30

Bucerotidae (họ Hồng hoàng)

8.7%

31

Timaliidae (họ Khướu)

9.8%

32

Pythonidae (họ Trăn)

26%

33

Salamandridae (họ Kỳ giông)

0.1%

34

Threskiornithidae (họ Cò quăm)

42.4%

35

Manidae (họ Tê tê)

0.4%




Khoảng cách trung bình tối đa

43.3%




Khoảng cách trung bình chung

40.3%




*Nhận xét: Trong 35 họ trên thì:

+Khoảng cách di truyền trung bình lớn nhất là 43.3% ở họ Moschidae (họ Hươu xạ)

+Khoảng cách di truyền trung bình cho toàn bộ các loài là 40.3%.

+ Có 11 họ có khoảng cách di truyền trung bình thấp (0 - 2%), chiếm 31,5%.

+ Có 25 họ có khoảng cách di truyền trung bình cao (>=2%), chiếm 68.5%.



: files -> ChuaChuyenDoi
ChuaChuyenDoi -> ĐẠi học quốc gia hà NỘi trưỜng đẠi học khoa học tự nhiên nguyễn Thị Hương XÂy dựng quy trình quản lý CÁc công trìNH
ChuaChuyenDoi -> TS. NguyÔn Lai Thµnh
ChuaChuyenDoi -> Luận văn Cao học Người hướng dẫn: ts. Nguyễn Thị Hồng Vân
ChuaChuyenDoi -> 1 Một số vấn đề cơ bản về đất đai và sử dụng đất 05 1 Đất đai 05
ChuaChuyenDoi -> TRƯỜng đẠi học khoa học tự nhiên nguyễn Hà Linh
ChuaChuyenDoi -> ĐÁnh giá Đa dạng di truyền một số MẪu giống lúa thu thập tại làO
ChuaChuyenDoi -> TRƯỜng đẠi học khoa học tự nhiêN
ChuaChuyenDoi -> TRƯỜng đẠi học khoa học tự nhiên nguyễn Văn Cường
ChuaChuyenDoi -> ĐÁnh giá thực trạng và ĐỀ xuất giải pháP


1   2   3   4   5   6   7   8   9   ...   13


Cơ sở dữ liệu được bảo vệ bởi bản quyền ©hocday.com 2019
được sử dụng cho việc quản lý

    Quê hương