HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM
KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC
BÁO CÁO THỰC HÀNH
HỌC PHẦN: TIN SINH HỌC ỨNG DỤNG
Thực hiện: Nguyễn Thị Thu Hậu
MSV: 637127
Lớp: K63CNSHB
Giảng viên hướng dẫn: Phạm Thị Dung
Ngày thực hành: 14/11/2021
Hà Nội - 2021
|
Bài thực hành 1
BẮT ĐẦU VỚI TRÌNH TỰ SINH HỌC
E.1.1: Sử dụng chương trình Chromas và các chương trình liên quan để xem các trình tự nucleotide
Q.1: Chiều dài của pGEM vàABI01? Quan sát cường độ của tín hiệu, thế nào là tín hiệu nhiễu, thế nào là đỉnh trùng nhau, thế nào là khoảng cách giữa các tín hiệu? Những tín hiệu nào không được xác định? Thế nào là kết quả đọc tốt?
Chiều dài được tính bằng số nucleotide có trong trình tự.
Cường độ tín hiệu:
Tín hiệu nhiễu là những tín hiệu không rõ đỉnh và lên xuống thất thường. Đỉnh trùng nhau là những đỉnh không rõ ràng, chồng chéo lên nhau (được kí hiệu là N). Khoảng cách giữa các tín hiệu là khoảng cách giữa 2 đỉnh cạnh nhau.
Tín hiệu không xác định là những tín hiệu được kí hiệu bằng chữ N.
Kết quả đọc tốt là những đoạn nucleotide có đỉnh rõ ràng, không bị chồng chéo lên nhau, được kí hiệu bằng 1 trong 4 loại A, C, G, T.
Chiều dài: 1345 nucleotide
Đoạn tín hiệu bị nhiễu là từ khoảng nucleotide 0-10 và khoảng nucleotide 1049-1345
Đoạn tín hiệu có kết quả đọc tốt là từ khoảng nucleotide 10-1010
Hình 01: Trình tự pGEM_(ABI)_A01
Chiều dài: 628 nucleotide
Đoạn tín hiệu bị nhiễu là từ khoảng nucleotide 0-10 và khoảng nucleotide 540-628
Đoạn tín hiệu có kết quả đọc tốt là từ khoảng nucleotide 20-530
Hình 02: Trình tự ABI01
Q.2: Có bao nhiêu nucleotide không được xác định trong các trình tự này? Chúng nằm ở đâu và tại sao chúng lại nằm ở đó? Làm thế nào để xác định được chính xác các nucleotide này?
Các nucleotide không được xác định:
Trình tự ABI01 từ khoảng nucleotide 0-10 và khoảng nucleotide 540-628
Trình tự pGEM từ khoảng nucleotide 0-10 và khoảng nucleotide 1049-1345
Các nucleotide không xác định thường nằm ở phần đầu và cuối của chuỗi trình tự. Do trong quá trình PCR các nucleotide có thể bị chồng lên nhau dẫn đến không xác định được trình tự, trong quá trình chạy điện di các nucleotide có kích thước nhỏ và nhẹ sẽ chạy nhanh hơn nên phần đầu và cuối của quá trình sẽ dẫn đến lỗi bị xếp chồng.
Chia sẻ với bạn bè của bạn: |
