APPLICATION OF DNA BARCODES IN IDENTIFICATION OF GINSENG SAMPLES IN

 
APPLICATION OF DNA BARCODES IN IDENTIFICATION OF GINSENG SAMPLES IN 
THE GENUS PANAX L. 
 
Le Thanh Huong
1
, Nguyen Nhat Linh
1
, Bui Manh Minh
1
, Ha Hong Hanh
1
, Huynh Thi Thu Hue
1
, Nong 
Van Hai
1
, Ha Van Huan
2
, Le Thi Thu Hien
1
 
1
Institute of Genome Research, Vietnam Academy of Science and Technology
2
Vietnam National University of Forestry 
SUMMARY
Identification of species based on DNA sequences (DNA barcodes) is an aid to a taxonomic classification 
using morphological characteristics. DNA barcoding uses standard short genomic regions that are universally 
present in target lineages and has sufficient sequence variation to identify species in the genus. A variety of 
loci has been suggested as DNA barcodes for plants, including genes and non-coding regions in the nuclear and 
plastid genomes such as psbA-trnH, matK, rbcL, and ITS. In this study, we evaluated five potential DNA 
barcodes including 18S, ITS, matK, psbA-trnH, and rbcL for their ability to distinguish between species across 
our samples in the genus Panax L. Multiple alignments with 41 GenBank sequences selected from 9 species 
showed that the 18S region had the highest level of average similarity (99.87 %), followed by rbcL, matK, 
psbA-trnH, and ITS regions with lower levels of average similarities (99.27 %, 98.66 %, 96.82 % and 96.50 %, 
respectively). The phylogenetic trees showed that four of eleven ginseng samples were Panax vietnamensis Ha 
et Grushv., and three samples were Panax stipuleanatus with bootstrap values of 100 %. However, sequences 

Lê Thanh Hương et al. 
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of all five screened loci in the last four samples, which were considered as Panax bipinnatifidus based on 
morphological characteristics, were highly similar to Panax stipuleanatus with the level of sequence similarity 
reached 99.81 % - 100 %. In addition, our results showed that of five investigated DNA regions, ITS, and 
psbA-trnH were the most promising barcodes that could identify P. vietnamensis Ha et Grushv. and P. 
stipuleanatus species within the genus Panax L.
Keywords: DNA barcodes, Panax L. genus, Panax vietnamensis Ha et Grushv., Panax stipuleanatus, Panax 
bipinnatifidus