MỤc lụC ĐẶt vấN ĐỀ

II. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

tải về 370.03 Kb.

trang	2/4
Chuyển đổi dữ liệu	19.07.2016
Kích	370.03 Kb.
	#2021

1 2 3 4

II. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1. Vật liệu nghiên cứu

Vật liệu nghiên cứu là 34 giống lúa kháng đạo ôn được thu thập ở nhiều địa phương khác nhau, đang được lưu giữ và bảo tồn tại ngân hàng gen hạt của Trung tâm Tài nguyên Thực vật (Bảng 2.1)

Bảng 2.1: Danh sách 34 giống lúa kháng đạo ôn nghiên cứu

TT	SĐK	Tên giống	Kí hiệu	TT	SĐK	Tên giống	Kí hiệu
1	958	Tan lanh	Đ1	18	3612	Plẩu tâu đằng dạng 2	Đ18
2	1980	Nếp nương cẩm	Đ2	19	4180	Nếp cái đỏ	Đ19
3	2049	Nếp râu	Đ3	20	4855	Đle tư	Đ20
4	2071	I mèo	Đ4	21	7006	Nếp lùn	Đ21
5	2079	Lâu châu plat	Đ5	22	7095	Kháu hạng khoai	Đ22
6	2119	San pa toong	Đ6	23	7686	Ple lia	Đ23
7	2131	Đle la tong	Đ7	24	8222	Khẩu lếch	Đ24
8	2134	Đle te lo	Đ8	25	8225	Khẩu tan nhe	Đ25
9	2136	Đ'le p'lu	Đ9	26	8235	Kháu hút đạnh	Đ26
10	2156	Lúa venth	Đ10	27	8673	Kháu mặc Đuộc	Đ27
11	2173	Lúa length	Đ11	28	8709	Plề chớ	Đ28
12	2380	Nếp cẩm	Đ12	29	9209	Đất tam Đăng	Đ29
13	2431	Chiêm ngân	Đ13	30	9408	Ló đếp cẩm	Đ30
14	2432	Chiêm nhỡ Bắc Ninh 2	Đ14	31		OM5471	Đ31
15	2484	Khẩu giăng căm	Đ15	32		OM 5629	Đ32
16	2629	Đ'le la	Đ16	33		OM8923	Đ33
17	3345	Lúa gốc đỏ	Đ17	34		OM6377	Đ34

Trong nghiên cứu này chúng tôi sử dụng 29 cặp mồi SSR thuộc các locus RM được chọn lọc từ 2240 cặp mồi để phân tích đa dạng di truyền các giống lúa kháng đạo ôn. Các cặp mồi do hãng Operon cung cấp dựa vào các thông tin về trình tự, kích thước, số allele chuẩn trên mỗi locus, vị trí phân bố của các locus ở trên 12 NST của bộ gen lúa.

Bảng 2.2: Thông tin về các cặp mồi trong nghiên cứu

TT	Tên mồi	Trình tự mồi	NST	Kích thước (bp)
1	RM13	3’-TCCAACATGGCAAGAGAGAG-5’ 5’-GGTGGCATTCGATTCCAG-3’	5	124-154
2	RM17	3’-TGCCCTGTTATTTTCTTCTCTC-5’ 5’-GGTGATCCTTTCCCATTTCA-3’	12	160-171
3	RM135	3’-CTCTGTCTCCTCCCCCGCGTCG-5’ 5’-TCAGCTTCTGGCCGGCCTCCTC-3’	3	119-131
4	RM138	3’-AGCGCAACAACCAATCCATCCG-5’ 5’-AAGAAGCTGCCTTTGACGCTATGG	2	104-155
5	RM142	3’-CTCGCTATCGCCATCGCCATCG-5’ 5’-TCGAGCCATCGCTGGATGGAGG-3’	4	235-238
6	RM143	3’-GTCCCGAACCCTAGCCCGAGGG-5’ 5’-AGAGGCCCTCCACATGGCGACC-3’	3	195-207
7	RM153	3’-GCCTCGAGCATCATCATCAG-5’ 5’-ATCAACCTGCACTTGCCTGG-3’	5	196-234
8	RM156	3’-GCCGCACCCTCACTCCCTCCTC-5’ 5’-TCTTGCCGGAGCGCTTGAGGTG-3’	3	150-160
9	RM161	3’-TGCAGATGAGAAGCGGCGCCTC-5’ 5’-TGTGTCATCAGACGGCGCTCCG-3’	5	165-189
10	RM162	GCCAGCAAAACCAGGGATCCGG CAAGGTCTTGTGCGGCTTGCGG	6
11	RM171	3’-AACGCGAGGACACGTACTTAC-5’ 5’-ACGAGATACGTACGCCTTTG-3’	10	310-356
12	RM172	3’-TGCAGCTGCGCCACAGCCATAG-5’ 5’-CAACCACGACACCGCCGTGTTG-3’	7	159-165
13	RM174	3’-AGCGACGCCAAGACAAGTCGGG-5’ 5’-TCCACGTCGATCGACACGACGG-3’	2	207-222
14	RM224	3’-ATCGATCGATCTTCACGAGG-5’ 5’-TGCTATAAAAGGCATTCGGG-3’	11	120-152
15	RM229	CACTCACACGAACGACTGAC CGCAGGTTCTTGTGAAATGT	1
16	RM241	GAGCCAAATAAGATCGCTGA TGCAAGCAGCAGATTTAGTG	2	98-158
17	RM245	3’-ATGCCGCCAGTGAATAGC-5’ 5’-CTGAGAATCCAATTATCTGGGG-3’	9	136-146
18	RM257	3’-CAGTTCCGAGCAAGAGTACTC-5’ 5’-GGATCGGACGTGGCATATG-3’	9	120-170
19	RM261	CTACTTCTCCCCTTGTGTCG TGTACCATCGCCAAATCTCC	4
20	RM270	3’-GGCCGTTGGTTCTAAAATC-5’ 5’-TGCGCAGTATCATCGGCGAG-3’	12	104-117
21	RM282	CTGTGTCGAAAGGCTGCAC CAGTCCTGTGTTGCAGCAAG	3	129-150
22	RM286	3’-GGCTTCATCTTTGGCGAC-5’ 5’-CCGGATTCACGAGATAAACTC-3’	11	99-128
23	RM302	3’-TCATGTCATCTACCATCACAC-5’ 5’-ATGGAGAAGATGGAATACTTGC-3’	1	120-191
24	RM310	CCAAAACATTTAAAATATCATG GCTTGTTGGTCATTACCATTC		85-120
25	RM323	3’-CAACGAGCAAATCAGGTCAG-5’ 5’-GTTTTGATCCTAAGGCTGCTG-3’	1	241-244
26	RM337	3’-GTAGGAAAGGAAGGGCAGAG-5’ 5’-CGATAGATAGCTAGATGTGGCC-3’	8	154-194
27	RM340	3’-GGTAAATGGACAATCCTATGGC-5’ 5’-GACAAATATAAGGGCAGTGTGC-3’	6	118-191
28	RM341	3’-CAAGAAACCTCAATCCGAGC-5’ 5’-CTCCTCCCGATCCCAATC-3’	2	126-186
29	RM345	3’-ATTGGTAGCTCAATGCAAGC-5’ 5’-GTGCAACAACCCCACATG-3’	6	152-167

2.2. Phương pháp nghiên cứu

2.2.1. Tách chiết ADN: Mẫu lá của từng dòng được thu thập riêng rẽ và tách chiết ADN tổng số theo phương pháp CTAB của Obara và Kako (1998) [42] có cải tiến.

Chuẩn bị sẵn dung dịch đệm chiết CTAB ở 60⁰C.
Nghiền 0,3 gam mẫu lá bằng chày cối sứ vô trùng trong nitơ lỏng đến khi thành dạng bột mịn.
Hoà tan mẫu đã nghiền nhỏ trong 800l CTAB buffer và 60l SDS 10%.
Ủ mẫu ở 65⁰C trong bể ổn nhiệt, thời gian 60 phút.
Bổ sung hỗn hợp CHCl₃-IsoA (24:1) với tỷ lệ 1:1 về thể tích so với dịch mẫu. Lắc nhẹ, ly tâm 12000 vòng/phút trong 10 phút ở nhiệt độ phòng. Hút dung dịch phía trên chuyển sang ống mới.
Tiếp tục chiết lần 2 bằng hỗn hợp CHCl₃-IsoA (24:1). Thu được dịch chiết chứa ADN.
Tủa ADN bằng ethanol đã làm lạnh. Để ở -20⁰C trong 1 giờ.
Ly tâm thu tủa 14000 vòng/phút trong 15 phút ở 4⁰C.
Rửa tủa bằng etanol 70%, ly tâm thu tủa, làm khô và hoà tan trong đệm TE.
Độ tinh sạch và nồng độ DNA tổng số được kiểm tra bằng cách điện di trên gel agarose 1% cùng với lader DNA 25g/l.

2.2.2. Phản ứng PCR

Mỗi phản ứng PCR bao gồm các thành phần và hàm lượng cụ thể như sau:

TT	Thành phần	Thể tích (µl)
1	Nước cất hai lần khử ion	3,2
2	Đệm PCR 10X + MgCl₂ 25mM	1
3	dNTPs 10mM	1,0
4	Taq DNA polymerase 1U/µl	0,8
5	Mồi xuôi 5µM	1,5
6	Mồi ngược 5µM	1,5
7	DNA 10g/µl	1
Tổng thể tích của một phản ứng		10,0

Điều kiện phản ứng PCR:

Các bước	Nhiệt độ (^oC)	Thời gian	Số chu kỳ
I	94	5 phút	1
II	94	45 giây	35
	72	1 phút
	72	1 phút
III	72	8 phút	1
V	4	30 phút	1

Каталог: phenotype -> upload -> article
article -> MỤc lục báo cáo kết quả thực hiện chuyêN ĐỀ nghiên cứu khoa họC (Chuyên đề 7)
article -> Khóa luận tốt nghiệp Bùi Thị Linh LỜi cảM ƠN
article -> BÁo cáo kết quả thực hiện chuyêN ĐỀ nghiên cứu khoa họC (Chuyên đề 5)
article -> 1. 1 Vài nét sơ lược về cây lú
article -> ĐẶt vấN ĐỀ 2 I. TỔng quan nghiên cứU 3
article -> ĐÁnh giá Đa dạng di truyền tậP ĐOÀn giống lúa có khả NĂng chịu hạn bằng chỉ thị phân tử ssr
article -> MỤc lụC 1 Triệu chứng bệnh 4
article -> Đặc biệt, nhu cầu về các giống lúa có chất lượng cao ngày càng gia tăng trong những thập kỷ gần đây, do yêu cầu của thị trường và nhu cầu của người tiêu dùng
article -> Xanthomonas oryzea pv oryze, đ
article -> ChuyêN ĐỀ 1 Tách chiết adn với số lượng cực lớn, chất lượng cao của 30 giống lúa

tải về 370.03 Kb.

Chia sẻ với bạn bè của bạn:

1 2 3 4