Bảng 4. Các số liệu về các chỉ thị mã vạch DNA sử dụng trong nghiên cứu.
18S
ITS
matK
psbA-trnH
rbcL
Số lượng mẫu
11
11
11
11
11
Tỷ lệ nhân bản PCR thành công
100%
100%
100%
100%
100%
Tỷ lệ đọc trình tự thành công
100%
100%
100%
100%
100%
Kích thước đoạn gen so sánh (bp)
897
539
748
361
521
Khoảng cách giữa các trình tự khi
so sánh theo cặp nucleotide
0,001
(0,000-
0,003)
0,032
(0,000-0,072)
0,012
(0,000-0,024)
0,020
(0,000-0,041)
0,006
(0,000-0,014)
Phân tích quan hệ phát sinh loài
Dựa vào các trình tự đã xác định được và các trình
tự tương đồng trên GenBank, chúng tôi đã tiến hành
phân tích định danh loài dựa trên phương pháp xây
dựng cây phân loại. Các trình tự Outgroup được sử
dụng từ 3 loài thuộc cùng họ Araliaceae với chi Nhân
sâm: Aralia chinensis, Aralia elata, Aralia cordata. Khi
so sánh 5 cây phân loại sử dụng 5 chỉ thị DNA mã vạch
18S, ITS, matK, psbA-trnH và rbcL và kết hợp với kết
quả so sánh trình tự nucleotide, chúng tôi nhận thấy
rằng vùng trình tự ITS cho kết quả có độ tin cậy cao
nhất, tiếp đến là vùng trình tự psbA-trnH, cho phép
phân biệt Sâm Ngọc Linh với các loài sâm khác trên thế
giới. Kết quả này cũng phù hợp với các nhóm nghiên
cứu DNA barcode trên chi Nhân sâm (Wen và Zimmer,
1996; Zuo et al., 2011; Vũ Huyền Trang et al., 2013).
Lê Thanh Hương et al.
70
Chia sẻ với bạn bè của bạn: |