Đặc biệt, nhu cầu về các giống lúa có chất lượng cao ngày càng gia tăng trong những thập kỷ gần đây, do yêu cầu của thị trường và nhu cầu của người tiêu dùng



tải về 456.13 Kb.
trang7/7
Chuyển đổi dữ liệu12.09.2016
Kích456.13 Kb.
#32068
1   2   3   4   5   6   7

Kết quả ở bảng 3.2 cho thấy: Tỷ lệ khuyết số liệu (M) cao nhất ở 2 giống là T28 (Nếp cái nương), T33 (Blào đang) là 10,71%. Tiếp theo là ba giống T22 (Tám Nghĩa Sơn), T35 (Kháu khỉnh), T50 (Huyết rồng 4) khuyết số liệu ở một cặp mồi ương ứng với tỷ lệ 6,9%. Giống lúa T3 (Tám đen Hà Đông), T4 (Tám thơm Hải Dương), T11 (Tám xoan Vĩnh Phúc), T12 (Tám xoan Hải Hậu), T17 (Tám Nghĩa Hồng), T19 (Tám Nghĩa Lạc), T21 (Tám Hải Giang), T23 (Tám cổ rụt), T26 (Tám cao cây), T27 (Khẩu tan pỏn), T29 (Khẩu nua nương), T30 (Khẩu mường hun), T32 (Chiêm pua), T34 (Plề lẩu chùa), T37 (Khẩu lao), T40 (Nếp ông táo), T41 (Nàng thơm đặc sản), T42 (Nàng thơm chợ đào), T49 (Vàng Ba Danh) khuyết số liệu ở một cặp mồi tương ứng với tỷ lệ 3,33%. Các giống còn lại không bị khuyết số liệu. Tỉ lệ khuyết số liệu trung bình của 50 giống là 1,84 không có giống nào có tỷ lệ khuyết số liệu lớn hơn 15%. Như vậy, cả 50 giống nghiên cứu đều có ý nghĩa phân tích thống kê.

Tỷ lệ đồng hợp và dị hợp ở các giống lúa nghiên cứu rất khác biệt và rõ ràng. Tỷ lệ dị hợp tử (H) cao nhất ở giống lúa T28 (Nếp cái nương) cao nhất là 14,29%, tiếp đến là ba giống lúa T39 (Mao chệt), T44 (OM 3536), T49 (Vàng Ba Danh) tỷ lệ dị hợp tử là 9,68%. Giống lúa T33 (Blào đang) tỷ lệ dị hợp tử là 7,14% . Ba giống T16 (Tám Xuân Hồng), T18 (Tám con), T48 (Thơm lùn mùa) có tỷ lệ dị hợp là 6,45%. Giống T35 (Kháu khỉnh) có tỷ lệ dị hợp tử là 3,45%. Ba giống T12 (Tám xoan Hải Hậu), T19 (Tám Nghĩa Lạc), T26 (Tám cao cây) có tỷ lệ dị hợp là 3,33%. Sáu giống có tỷ lệ dị hợp là 3,23%. Còn lại 30 giống có tỷ lệ dị hợp tử 0% có nghĩa là trong phạm vi 31 mồi nghiên cứu các giống này đều thể hiện đồng hợp (chỉ có một băng DNA duy nhất/mồi). Tỷ lệ dị hợp tử trung bình của cả tập đoàn là 2,12.



3.4. Xác định các allele hiếm xuất hiện trong tập đoàn lúa chất lượng nghiên cứu

Thông thường, allele hiếm (rare allele) được định nghĩa dựa trên tần số xuất hiện của chúng. Kimura đã định nghĩa allele hiếm là allele có tần số xuất hiện nhỏ hơn q với những giá trị nhỏ xác định của q (như q = 0,01). Đối với số lượng mẫu lên đến 100 thì một allele sẽ được xem là hiếm nếu nó xuất hiện không quá hai lần và số lần xuất hiện của một allele hiếm sẽ là không quá 200 lần khi lượng mẫu đạt tới 10.000 (Kimura, 1983). Còn theo Zahida, allele hiếm là allele xuất hiện với tần số ≤ 0,05 trong tổng số mẫu nghiên cứu (Zahida et al., 2009).







Hình 3.3: Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi RM515(205 - 231 bp) và cặp mồi RM270 (104 - 117bp)

Kết quả thu được từ bộ tiêu bản điện di sản phẩm PCR của 31 cặp mồi SSR với tập đoàn 50 giống lúa chất lượng đã thu được tổng số 123 loại allele, trong đó xuất hiện 8 allele hiếm ở 7 cặp mồi (allele chỉ xuất hiện duy nhất ở một mẫu giống có tần số <0,05). Như vậy, tỷ lệ allele hiếm xuất hiện là 8/123 (6,5%), tỷ lệ allele hiếm trên mỗi locus trung bình là 8/31 (25,8%). Số allele hiếm xuất hiện nhiều ở locus RM270 (xuất hiện 2 allele hiếm ở các giống T23 - Tám cổ rụt và T24 - Tám xoan) (hình 3.3). Tiếp theo là các locus RM28, RM143, RM153, RM RM310, RM337, RM515 xuất hiện một allele trên mỗi locus ở các giống T17 (Tám Nghĩa Hồng), T19 (Tám Nghĩa Lạc), T10 (Tám nghệ hạt đỏ), T36 (Ka tiêu), T3 (Tám đen Hà Đông), T2 (Tám trắng Vĩnh Phúc).



3.5. Kết quả phân tích đa hình và mối quan hệ di truyền của các giống lúa Chất lượng nghiên cứu

Số liệu thu được từ tiêu bản điện di sản phẩm PCR của 31 cặp mồi SSR với tập đoàn 50 giống lúa chất lượng nghiên cứu được thống kê và phân tích bằng phần mềm NTSYSpc 2.1, từ đó thiết lập được bảng hệ số tương đồng di truyền (Bảng 3.3) và sơ đồ hình cây về mối quan hệ di truyền giữa các giống lúa Chất lượng (hình 3.4).

Qua kết quả thu được ở bảng 3.3 và hình 3.4 cho thấy: Hệ số tương đồng di truyền của 50 giống lúa Tám nghiên cứu dao động trong khoảng từ 0,11 (T10 - Tám nghệ hạt đỏ, T11 - Tám xoan Vĩnh Phúc, T1 - Tám tức Tây Bắc) đến 0,82 (T5 - Tám thơm Thái Bình và T8 - Tám xoăn có râu Hải Dương)

Dựa vào sơ đồ mối quan hệ di truyền của 50 giống lúa, xét ở mức tương đồng di truyền 0,36 chúng tôi chia 50 mẫu giống lúa nghiên cứu thành 6 nhóm:

*Nhóm I: Có 23 giống lúa trong đó gồm các giống T1 (Tám tức Tây Bắc), T12 (Tám xoan Hải Hậu), T18 (Tám con), T21 (Tám Hải Giang), T19 (Tám Nghĩa Lạc), T23 (Tám cổ rụt), T24 (Tám xoan), T25 (Tám nghển), T26 (Tám cao cây), T20 (Tám Xuân Bắc), T5 (Tám thơm Thái Bình), T8 (Tám xoăn có râu Hải Dương), T7 (Tám đứng Hải Dương), T9 (Tám xoan Bắc Ninh), T11 (Tám xoan Vĩnh Phúc), T16 (Tám Xuân Hồng), T14 (Tám Xuân Đài), T15 (Tám tiêu), T22 (Tám Nghĩa Sơn), T13 (Tám thơm ấp bẹ), T17 (Tám Nghĩa Hồng), T6 (Tám tròn Hải Dương), T10 (Tám nghệ hạt đỏ). Xét tại vị trí có hệ số tương đồng di truyền 0,52 được chia làm 4 nhóm phụ.

- Nhóm I.1: Gồm giống lúa T1 (Tám tức Tây Bắc), T12 (Tám xoan Hải Hậu), T18 (Tám con), T20 (Tám Xuân Bắc), T21 (Tám Hải Giang), T23 (Tám cổ rụt), T24 (Tám xoan), T25 (Tám nghển), T26 (Tám cao cây), T19 (Tám Nghĩa Lạc). Hệ số tương đồng di truyền cao nhất là 0,8 (T25 và T24). Hệ số di truyền tương đồng thấp (T20 và T21) là 0,35. Giống T1 và T19 có hệ số tương đồng di truyền là 0,5

- Nhóm I.2: Gồm giống lúa T5 (Tám thơm Thái Bình), T8 (Tám xoăn có râu Hải Dương), T7 (Tám đứng Hải Dương). Trong đó hệ số tương đồng di truyền trong khoảng từ 0,62 đến 0,82. T5 và T8 có hệ số tương đồng di truyền là 0,82.

- Nhóm I.3: Gồm giống lúa T9 (Tám xoan Bắc Ninh), T11 (Tám xoan Vĩnh Phúc), T16 (Tám Xuân Hồng), T14 (Tám Xuân Đài), T15 (Tám tiêu), T22 (Tám Nghĩa Sơn), T13 (Tám thơm ấp bẹ), T17 (Tám Nghĩa Hồng). Trong đó có hệ số tương đồng cao nhất là 0,82 (T15 và T22). Hệ số tương đồng di truyền các mẫu còn lại (0,43 - 0.74)

- Nhóm I.4: Gồm giống lúa T6 (Tám tròn Hải Dương) và T10 (Tám nghệ hạt đỏ) có hệ số tương đồng di truyền là 0,72



Hình 3.4: Sơ đồ hình cây về mối quan hệ di truyền giữa các giống lúa Chất lượng nghiên cứu

*Nhóm II: Gồm giống lúa T27 (Khẩu tan pỏn), T28 (Nếp cái nương), T36, T31 (Ne nương), T35 (Kháu khỉnh), T33 (Blào đang), T32 (Chiêm pua), T34 (Plề lẩu chùa), T38 (Tẻ nương), T29 (Khẩu nua nương) có hệ số tương đồng trong khoảng từ 0,33 - 0,69. Nhóm này được chia làm 3 nhóm phụ gồm:



- Nhóm II.1 : Gồm T27 (Khẩu tan pỏn), T28 (Nếp cái nương) có hệ số tương đồng là 0,55

- Nhóm II.2 : Gồm T29 (Khẩu nua nương), T36 (Ka tiêu), T31 (Ne nương), T35 (Kháu khỉnh), T33 (Blào đang), T32 (Chiêm pua), T34 (Plề lẩu chùa) có hệ số tương đồng di truyền trong khoảng 0,33 - 0,54

- Nhóm II.3: Chỉ có giống T38 (Tẻ nương)

*Nhóm III: Gồm giống lúa T2 (Tám trắng Vĩnh Phúc) và T4 (Tám thơm Hải Dương) có hệ số tương đồng di truyền là 0,48

*Nhóm IV: Chỉ có duy nhất giống lúa T3 (Tám đen Hà Đông)

*Nhóm V: Chỉ có duy nhất giống lúa T30 (Khẩu mường hun)

*Nhóm VI: Có 13 giống lúa với hệ số tương đồng di truyền dao động 0,22 - 0,76. Gồm các giống T37 (Khẩu lao), T43 (Lúa nàng thơm), T44 (OM 3536), T40 (Nếp ông táo), T41 (Nàng thơm đặc sản), T42 (Nàng thơm chợ đào), T45 (Nàng Nhen), T47 (Thơm mắn), T48 (Thơm lùn mùa), T46 (Thơm Lài), T50 (Huyết rồng 4), T39 (Mao chệt), T49 (Vàng Ba Danh). Xét tại vị trí có hệ số tương đồng di truyền 0,42. Được chia làm 3 nhóm phụ

- Nhóm VI.1: Gồm T37 (Khẩu lao), T43 (Lúa nàng thơm), T44 (OM 3536), T40 (Nếp ông táo), T41 (Nàng thơm đặc sản), T42 (Nàng thơm chợ đào), T45 (Nàng Nhen), T47 (Thơm mắn), T48 (Thơm lùn mùa) có hệ số tương đồng di truyền thay đổi trong khoảng (0,31 - 0,76). Nhóm phụ này được chia làm 3 nhánh nhỏ.

Nhánh 1: Gồm 3 mẫu T37, T43, T44

Nhánh 2: Gồm T40, T41, T42, T45, T47, T45, T48. trong đó mẫu T41, T42 và T48 có hệ số tương đồng là 0,76

Nhánh 3: Gồm T46 và T50 có hệ số tương đồng di truyền là 0,5



  • Nhóm VI.2 : Chỉ có mẫu T39 (Mao chệt)

  • Nhóm VI.3 : Chỉ có mẫu T49 (Vàng Ba Danh)

Bảng 3.3: Mối quan hệ di truyền giữa 50 giống lúa chất lượng

III. KẾT LUẬN

Tập đoàn lúa Chất lượng bản địa nghiên cứu rất đa dạng. Tổng số allele thống kê được trên 31 cặp mồi SSR là 123 allele, trung bình 2,46 allele/cặp mồi. Hệ số PIC trung bình của 31 cặp mồi nghiên cứu là 0,32 trong đó có 2 cặp mồi chỉ thể hiện một allele có hệ số PIC = 0. Hệ số PIC đạt giá trị cao nhất (0,73) ở cặp mồi RM515 với 8 allele thể hiện. Các giống lúa Chất lượng có độ thuần di truyền rất khác nhau tỉ lệ dị hợp của các mẫu nghiên cứu dao động từ 0% đến 14,29% (trung bình là 2,12).

Tập đoàn 50 giống lúa chất lượng nghiên cứu xét ở mức tương đồng di truyền 0,36 chúng tôi chia 50 mẫu giống lúa nghiên cứu thành 6 nhóm:


  • Nhóm I: Gồm có 23 giống hệ số tương đồng di truyền dao động trong khoảng từ 0,43 - 0,74 và được chia làm 4 nhóm phụ

  • Nhóm II: Gồm có 10 giống hệ số tương đồng di truyền dao động trong khoảng 0,33 - 0,69 và được chia làm 3 nhóm phụ.

  • Nhóm III: Gồm có 2 giống

  • Nhóm IV: Chỉ có 1 giống

  • Nhóm V: Chỉ có 1 giống

  • Nhóm VI: Gồm có 13 giống có hệ số tương đồng di truyền dao động 0,22 - 0,76. được chia làm 3 nhóm phụ

Như vậy, sử dụng các chỉ thị SSR không những có thể đánh giá được mức độ đa dạng, xác định mối quan hệ di truyền giữa các giống lúa chất lượng mà còn có thể phân loại ở mức dưới loài một cách chính xác phục vụ cho công tác chọn và lai tạo giống.

Kết quả thu được từ bộ tiêu bản điện di sản phẩm PCR của 31 cặp mồi SSR với tập đoàn 50 giống lúa chất lượng đã thu được tổng số 123 loại allele, trong đó xuất hiện 8 allele hiếm ở 7 cặp mồi. Số allele hiếm xuất hiện ở locus RM270 (xuất hiện 2 allele hiếm ở các giống T23, T24). Tiếp theo là các locus RM28, RM143, RM153, RM RM310, RM337, RM515 xuất hiện 1 allele trên mỗi locus ở các giống: T16, T19, T10, T36, T2, T3.

Các kết quả thu được rất hữu ích trong việc xác định nguồn gen phục vụ cho công tác bảo tồn, khai thác và sử dụng có hiệu quả các nguồn gen lúa chất lượng của Việt Nam.

Tài liệu tham khảo



  1. Bùi Chí Bửu, Nguyễn Thị Lang (2001), "Nguồn tài nguyên di truyền cây lúa", Cây lúa Việt Nam thế kỷ 20, Tập I, Tr.117-172 , NXB Nông nghiệp, Hà Nội.1




  1. Dương Xuân Tú, Phạm Quang Duy, Tăng Thị Diệp, Tống Thị Huyền. 2008. Ứng dụng chỉ thị phân tử AND xác định gen phục vụ chọn tạo giống lúa thơm. Viện cây lương thực và cây thực phẩm.2

  2. Lê Xuân Đắc, Bùi Văn Thắng, Lê Trần Bình, Lê Duy Thành, Lê Thị Muội (2003), “Đánh giáđa dạng di truyền của một số giống lúa Tám ở Việt Nam”, Tạp chí Công nghệ Sinh học 1 (4): 493-501.3

  3. Nguyễn Thị Lang và Bùi Chí Bửu. 2010. Initial marker-assisted selection in rice breeding at cuu long delta rice research institutue. Omonrice 17: 8-21.4

  4. Nguyễn Thị Phương Đoài, Khuất Hữu Trung, Nguyễn Thúy Điệp, Hà Minh Loan, Trần Danh Sửu, Đặng Trọng Lương (2010). Nghiên cứu đa dạng di truyền tập đoàn lúa nếp và lúa nương bản địa Việt Nam bằng chỉ thị phân tử SSR. Tạp chí Công nghệ sinh học 8(3): 337-343.5



  1. Akagi H, Yokozeki Y, Inagaki A, Fujimura T (1996), Microsatellite DNA markers for rice chromosomes, Theor Appl Genet 93:1071.6

  2. Berner DK, Hoff BJ (1986) Inheritance of scent in American long grain rice. Crop Science 26: 876-878.7

  3. Bhattacharjee P, Singhal RS, Kulkarni PR (2002) Basmati rice: a review. International Journal of Food Science and Technology 37: 1-12.8

  4. Chaudhary RC and Tran DV (2001), In Specialty rices of the world: Breeding, production and marketing, p. 3-12, Food and Agriculture Organization of the United Nation, Science Publishers, Inc. USA.9

  5. Chen X., Temnykh S, Xu Y, Cho YG, McCouch SR (1997), "Development of a microsatellite framework map providing genome-wide coverage in rice (Oryza sativa L.)", Theor Appl Genet, 95:553.10







  1. Chen X, Cho Y, McCouch S (2002), Sequence divergence of rice microsatellites in Oryza and other plant species, Mol Gen Genomics, 268: 331-343.11




  1. Cho Y. G, Ishii T, Temnykh S, Chen X, Lipovich L, McCouch S. R, Park W.D, Ayres N, Cartinhour S. (2000), Diversity of microsatellites derived from genomic libraries and GenBank sequences in rice (Oryza sativa L.), Theor Appl Genet 100:713.12

  2. Giarrocco LE, Marassib MA and Salernoa GL. 2007. Assessment of the Genetic diversity in Argentine Rice Cultivars with SSR Markers. Crop Sci 47: 853-858.13

  3. Garg AK, Sawers RJH, Wang HY, Kim JK, Walker JM, Brutnell TP, Parthasarathy MV, Vierstra RD, Wu RJ (2006) Light-regulated overexpression of an Arabidopsis phytochrome A gene in rice alters plant architecture and increases grain yield. Planta 223: 627-636.25.14

  4. Ghareyazie B, Alinia F, Menguito CA, Rubia LG, dePalma JM, Liwanag EA, Cohen MB, Khush GS, Bennett J (1997) Enhanced resistance to two stem borers in an aromatic rice containing a synthetic cryIA(b) gene. Molecular Breeding 3: 401-414.15

  5. Kalyan Chakravarthi B and Rambabu Naravaneni. 2006. SSR marker based DNA fingerprinting and diversity study in rice (Oryza sativa L.). AJB 5 (9): 684-688.16

  6. K.kibria, F.Nur, S.N.Begum, M.M.Islam, S.K.Paul, K.S.Rahman, and S.M.M.Azam. 2009. Molecular marker based genetic diversity analysis in aromatic tice genotypes using ssr and Rapd marker. Int. J. Sustain. Crop Prod. 4(1):23-34.17

  7. Malik AR, Muhammad SM, Zabta KS and Kazuko YS (2010). Genetic analysis of Basmati and non-Basmati Pakistani rice (Oryza sativa L.) cultivars using microsatellite markers. Pak. J. Bot. 42(4): 2551-2564.18

  8. Mahmoud M. Saker, Sawsan S. Youssef, Naglaa A. Abdallah, Hany S. Ashandy and AhmedM. El Sharkawy (2005), Genetic analysis of some Egyptian rice genotypes using RAPD, SSR and AFLP,, African Journal of Biotechnology Vol. 4 (9), pp. 882-890.19




  1. Natalya V. Alpatyeva (2000), Genetic diversity of Vietnamese landraces of rice by RFLP markers,Research study in NIAR, Japan.20

  2. Navraj và ctv, 2009 Navraj KS, Yogesh Vikal, Kuldeep Singh, Monika AJ and Sharma RC. 2009. SSR marker-based DNA fingerprinting and cultivar identification of rice (Oryza sativa L.) in Punjab state of India. Plant Genet Res CJO 17 Jul 2009: 1-3.21

  3. Olufowote, J.O, XU Y, Chen X, Park W.D, Beachell H. M, Dilday R.H., Goto M, and McCouch S.R.(1997), Comparative evaluation of within-cultivar variation of rice (Oryza sativa L.) using microsatellite and RFLP markers, Genome 38: 1170-1176.22

  4. Raj Kumar Joshi and Lambodar Behera (2006), "Identification and differentiation of indigenous non-Basmati aromatic rice genotypes of India using microsatellite markers", African Journal of BiotechnologyVol. 6 (4), pp. 348-354.23

  5. Singh Balwant1, Singh S.P.2, Kumar J.3,*. 2011. Assessment of genetic diversity of aromatic rices (Oryza sativa L.) using morphological, physiochemical and SSR markers.

    1. 1Department ofMolecular Biology and Genetic Engineering, G.B.Pant University of Agriculture & Technology, Pantnagar 263 145.

    2. 2Department of Plant Pathology, G.B.Pant University of Agriculture & Technology, Pantnagar 263 145

    3. 3Division of Genetics, Indian Agricultural Research Institute, 110012, New Delhi 110 012.24

  6. Singh RK, Khush GS, Singh US, Singh AK, Singh S (2000) : Breeding Aromatic Rice for High Yield, Improved Aroma and Grain Quality. In RK Singh, US Singh, GS Khush, eds, Aromatic Rices,.25

  7. Sujatha K, Upadhyay R, Kaladhar K, Rani NS and Sarla N (2004). Genetic relationship among aromatic short grain and Basmati rice based on ISSR and SSR markers. Rice Genetic Newsletter vol 21.26

  8. Shu Xia Sun, Fang Yuan Gao, Xian Jun Lu, Xian Jun Wu, Xu Dong Wang,Guang Jun Ren and Hong Luo.2008. Genetic analysis and gene fine mapping of aroma in rice (Oryza sativa L). Genetics and Molecular Biology, 31, 2, 532-538.27

  9. Temnykh S, G. DeClerck, A. Lukashova, L. Lipovich, S. Cartinhour, S. McCouch (2001),Computational and experimental analysis of microsatellites in rice (Oryza sativa L.):Frequency, length variation, transposon associations, and genetic marker potential, Genome Res 11:1441.28

  10. Temnykh S., WD Park, N Ayres, S Cartinhour, N Hauck (2000), "Mapping and genome organization of microsatellite sequences in rice (Oryza sativa L.)", Theor Appl Genet 100: 697.29

  11. Panaud O, X Chen, SR McCouch (1996), Development of microsatellite markers and characterization of simple sequence length polymorphism (SSLP) in rice (Oryza sativa L.), Mol Gen Genet 252:597.30







Каталог: phenotype -> upload -> article
article -> MỤc lục báo cáo kết quả thực hiện chuyêN ĐỀ nghiên cứu khoa họC (Chuyên đề 7)
article -> MỤc lụC ĐẶt vấN ĐỀ
article -> Khóa luận tốt nghiệp Bùi Thị Linh LỜi cảM ƠN
article -> BÁo cáo kết quả thực hiện chuyêN ĐỀ nghiên cứu khoa họC (Chuyên đề 5)
article -> 1. 1 Vài nét sơ lược về cây lú
article -> ĐẶt vấN ĐỀ 2 I. TỔng quan nghiên cứU 3
article -> ĐÁnh giá Đa dạng di truyền tậP ĐOÀn giống lúa có khả NĂng chịu hạn bằng chỉ thị phân tử ssr
article -> MỤc lụC 1 Triệu chứng bệnh 4
article -> Xanthomonas oryzea pv oryze, đ
article -> ChuyêN ĐỀ 1 Tách chiết adn với số lượng cực lớn, chất lượng cao của 30 giống lúa

tải về 456.13 Kb.

Chia sẻ với bạn bè của bạn:
1   2   3   4   5   6   7



Cơ sở dữ liệu được bảo vệ bởi bản quyền ©hocday.com 2024
được sử dụng cho việc quản lý
    Quê hương
BÁO CÁO
Tài liệu