3.1. Kết quả tách chiết DNA tổng số
Trong nghiên cứu này, chúng tôi chọn phương pháp CTAB của Saghai Maroof và cs. (1984) (đã được cải tiến) để tách chiết DNA hệ gen từ lá của các giống lúa nghiên cứu. Nguyên lý cơ bản của phương pháp này là sử dụng chất tẩy cetyl-trimethyl-amonium-bromid (CTAB), chất này có khả năng hòa tan các chất giải phóng ra từ màng tế bào sau khi màng của chúng bị phá vỡ, DNA dễ hòa tan hơn nhiều so với các chất khác. Vì vậy, CTAB đóng vai trò là chất chính trong tách chiết axit nucleic.
Sau khi thu được DNA, chúng tôi tiến hành kiểm tra chất lượng DNA bằng phương pháp điện di trên gel agarose 1%, trong thời gian 30 phút (dùng 3µl và 5 µl ở nồng độ 50ng/µl làm chuẩn để đo nồng độ DNA), sau đó nhuộm bằng ethidium bromide. Sử dụng máy chuyên dụng (Molercular imager FX) để xác định nồng độ và chụp ảnh. Ảnh điện di (hình 3.1) cho thấy các băng gọn sắc nét, DNA không bị đứt gẫy, có độ tinh sạch cao đảm bảo cho thực hiện các phản ứng PCR và các thí nghiệm tiếp theo.
Hình 3.1: DNA tổng số của 50 giống lúa nghiên cứu
3.2. Hệ số PIC, số allele và tổng số băng DNA thể hiện trên từng cặp mồi
Hình 3.2: Ảnh điện di sản phẩm PCR mồi RM245
Bảng 3.1: Số allele thể hiện và hệ số PIC của 31 cặp mồi SSR
TT
|
Tên Mồi
|
Vị trí trên NST
|
Số allele
|
PIC
|
TT
|
Tên Mồi
|
Vị trí trên NST
|
Số allele
|
PIC
|
1
|
RM13
|
5
|
4
|
0,71
|
17
|
RM316
|
|
3
|
0,50
|
2
|
RM30
|
6
|
3
|
0,44
|
18
|
RM284
|
8
|
2
|
0,44
|
3
|
RM282
|
3
|
5
|
0,56
|
19
|
RM302
|
1
|
4
|
0,52
|
4
|
RM135
|
3
|
3
|
0,50
|
20
|
RM309
|
12
|
3
|
0,25
|
5
|
RM142
|
4
|
1
|
0,00
|
21
|
RM286
|
11
|
5
|
0,72
|
6
|
RM143
|
3
|
7
|
0,46
|
22
|
RM310
|
8
|
5
|
0,70
|
7
|
RM270
|
12
|
6
|
0,66
|
23
|
RM318
|
2
|
2
|
0,42
|
8
|
RM153
|
5
|
5
|
0,49
|
24
|
RM323
|
1
|
1
|
0,00
|
9
|
RM162
|
6
|
2
|
0,31
|
25
|
RM337
|
8
|
4
|
0,49
|
10
|
RM171
|
10
|
3
|
0,45
|
26
|
RM341
|
2
|
5
|
0,72
|
11
|
RM172
|
7
|
5
|
0,61
|
27
|
RM515
|
|
8
|
0,73
|
12
|
RM174
|
2
|
2
|
0,45
|
28
|
RM17
|
12
|
6
|
0,56
|
13
|
RM224
|
11
|
5
|
0,68
|
29
|
RM229
|
|
3
|
0,63
|
14
|
RM245
|
9
|
3
|
0,55
|
30
|
RM166
|
|
3
|
0,58
|
15
|
RM257
|
9
|
5
|
0,70
|
31
|
RM223
|
|
4
|
0,62
|
16
|
RM264
|
8
|
6
|
0,74
|
Tổng
|
123
|
16,18
|
Trung bình
|
2.46
|
0.32
|
Qua kết quả thu được ở bảng 3.1 chúng tôi thấy với 31 cặp mồi SSR được sử dụng trong nghiên cứu đều cho kết quả đa hình. Tổng số allele thống kê được trên 31 cặp mồi SSR là 123 allele, trung bình 2,46 allele/cặp mồi. Trong đó:
-
Số mồi thể hiện 8 allele: 1 mồi (RM 515)
-
Số mồi thể hiện 7 allele: 1 mồi (RM143)
-
Số mồi thể hiện 6 allele: 3 mồi (RM270, RM264, RM17)
-
Số mồi thể hiện 5 allele: 8 mồi (RM282, RM153, RM172, RM224, RM257, RM286, RM310, RM341)
-
Số mồi thể hiện 4 allele: 3 mồi (RM13, RM302, RM337)
-
Số mồi thể hiện 3 allele: 8 mồi (RM30, RM135, RM171, RM245, RM316, RM309, RM229, RM166)
-
Số mồi thể hiện 2 allele: 3 mồi (RM162, RM174, RM284, RM318)
-
Số mồi chỉ có 1 allele: 2 mồi (RM142, RM323)
Hệ số PIC trung bình của 31 cặp mồi nghiên cứu là 0,32. Trong đó, có 2 cặp mồi chỉ thể hiện một allele có hệ số PIC = 0, hệ số PIC đạt giá trị cao nhất (0,73) ở cặp mồi RM515 với 8 allele thể hiện.
Chia sẻ với bạn bè của bạn: |